PDB-2fgv: X-ray crystal structure of HIV-1 Protease T80N variant in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fgv

タイトル

X-ray crystal structure of HIV-1 Protease T80N variant in complex with the inhibitor saquinavir used to explore the role of invariant Thr80 in HIV-1 protease structure, function, and viral infectivity.

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / HIV Protease / drug resistance / enzyme kinetics / sequence conservation / protein structure

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Foulkes, J.E. / Prabu-Jeyabalan, M. / Cooper, D. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Role of invariant Thr80 in human immunodeficiency virus type 1 protease structure, function, and viral infectivity.
著者: Foulkes, J.E. / Prabu-Jeyabalan, M. / Cooper, D. / Henderson, G.J. / Harris, J. / Swanstrom, R. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2005年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 600

HETEROGEN THE ENTIRE CHAIN I IS AN INHIBITOR SAQUINAVIR.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2fgv.ent.gz	45.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2fgv_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fgv_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	2fgv_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	2fgv_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2fguC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6pu8-d 3eky-d 4rvx-1 1ajx-d 3o9c-d 2qi5-d 3sac-d 6pjd-d 4njt-1 6pjl-d 3i7e-d 1npa-d 1b6l-d 1kzk-d 2j9k-d 3b7v-d 1d4s-d 2bpx-d 5coo-d 3bhe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

23 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.52, 58.18, 61.52
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The entire HIV-1 Protease dimer in complex with the inhibitor saquinavir.

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10814.762 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, I64V, T80N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: GAG / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 参照: UniProt: O38716, UniProt: P03369*PLUS, HIV-1 retropepsin

#1: タンパク質

Protease / Retropepsin / PR

分子量: 10814.762 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, I64V, T80N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: GAG / プラスミド: pXC35 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106
参照: UniProt: O38716, UniProt: P03369*PLUS, HIV-1 retropepsin

-
非ポリマー , 7種, 205分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-QNC / quinoline-2-carboxylic acid / キナルジン酸分子量: 173.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇NO₂
#4: 化合物	ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#5: 化合物	ChemComp-HPH / (2S)-2-amino-3-phenylpropane-1,1-diol / (2S)-2-amino-3-phenylpropane-1,1-diol タイプ: peptide-like / 分子量: 167.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃NO₂
#6: 化合物	ChemComp-DIQ / 2-METHYL-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID 分子量: 197.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₂
#7: 化合物	ChemComp-NTB / TERTIARY-BUTYLAMINE / tert-ブチルアミン分子量: 73.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁N
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.126 M Sodium Phosphate pH 6.2, 0.063 M Sodium Citrate, 23-24% Ammonium Sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月4日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.26 Å / Num. all: 29647 / Num. obs: 29647 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 17.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.5→42.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.661 / SU ML: 0.051 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19722	1499	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17138	-	-	-
all	0.1726	29647	-	-
obs	0.17265	28102	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.077 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	84	193	1771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	2.037	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.717	3	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.181	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.026	24.576	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.54	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.07	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	307
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.3	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.3	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.5	787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.113	0.3	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.177	0.3	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.5	61
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.724	1.5	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.164	1.5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.873	2	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.429	3	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.119	4.5	637

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.537 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.457	105	-
R_work	0.309	2043	-
obs	-	-	98.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3788	0.5904	-0.0434	2.1543	0.2605	1.6235	-0.0978	0.1617	-0.125	-0.1357	0.0911	-0.0884	-0.0112	0.0373	0.0068	-0.0516	-0.0237	0.003	-0.0498	-0.0037	-0.0637	21.318	2.804	1.518
2	1.6004	1.3054	0.275	1.4356	0.7656	3.3773	-0.0282	-0.0315	0.1592	-0.1253	0.0312	0.0938	-0.3034	-0.0195	-0.003	-0.0422	0.002	-0.0067	-0.0687	0.0079	-0.0219	19.726	11.062	7.045
3	10.3886	2.5829	5.3011	2.6015	0.6686	7.2777	0.0686	0.1353	-0.0992	0.0338	-0.0997	-0.213	0.1401	0.1631	0.0311	-0.0557	0.0048	0.034	-0.0818	0.0038	-0.0061	38.658	-1.588	7.617
4	3.3948	-0.2826	0.2145	2.1279	-0.174	0.97	0.0762	-0.0746	-0.0478	-0.017	-0.0682	-0.1132	0.073	-0.0409	-0.008	-0.054	-0.0172	0.0063	-0.0558	0.0045	-0.0444	26.573	1.598	12.062
5	4.6009	-1.0115	-0.0447	3.3517	3.4416	7.3634	0.0754	-0.1727	-0.0028	0.0793	0.1025	-0.1033	0.2779	0.7732	-0.1779	-0.0795	0.0034	0.0046	0.006	0.0401	-0.0444	39.306	-1.556	20.599
6	16.7126	8.5178	3.0534	8.4484	1.7709	3.5768	0.0708	-0.0499	0.1467	0.207	-0.2192	0.2021	0.1422	-0.3323	0.1484	-0.0833	0.0029	0.0225	-0.0531	-0.0156	-0.0442	1.777	7.752	11.555
7	2.6888	0.3917	-0.6501	1.4706	-0.0955	1.3688	0.0573	0.0329	0.0175	0.0754	-0.0031	-0.1208	-0.0381	-0.0077	-0.0542	-0.0341	-0.0018	-0.0115	-0.0454	0.0133	-0.0262	13.839	1.891	11.701
8	4.8139	1.2747	0.9967	5.3356	2.5956	4.2814	0.155	-0.1959	-0.0245	0.0254	-0.191	0.4644	-0.1574	-0.4196	0.036	-0.0586	0.0097	0.0115	-0.0023	0.0329	-0.0615	0.279	-4.597	17.374
9	10.763	3.4911	2.1746	4.6172	-0.1188	4.671	-0.1129	0.0795	0.0371	-0.0507	0.1847	0.1016	-0.0135	-0.0152	-0.0719	-0.0387	-0.0022	0.0007	-0.0348	0.0004	-0.073	25.696	-1.494	26.251
10	12.5499	3.3586	0.9543	4.1765	-2.0186	2.0177	0.0208	0.1636	0.3043	0.0914	-0.0723	-0.0028	-0.032	0.1678	0.0515	-0.0073	-0.0087	0.0051	-0.0392	0.0081	-0.0276	14.201	-9.951	19.392
11	6.8373	6.5783	-5.2877	9.1956	-11.7248	19.4583	0.3774	-0.6515	0.2923	0.0653	-0.4515	-0.0366	-0.0206	0.9244	0.0742	-0.108	-0.0064	-0.0063	-0.0033	-0.0273	-0.0489	38.462	4.023	21.638
12	8.6254	0.2482	8.4987	0.7627	1.1582	18.9865	0.2282	-0.0264	-0.0639	-0.2799	0.0994	-0.128	-0.0272	0.0052	-0.3276	-0.0572	-0.0095	0.0322	-0.1036	-0.0216	-0.0283	37.318	5.142	6.955
13	2.1502	1.902	-0.7837	3.6771	-3.3136	6.4943	0.0209	-0.1368	-0.0722	0.0097	-0.0207	-0.2062	0.0037	0.1278	-0.0002	-0.0995	0.0049	0.0179	-0.0942	-0.0099	-0.0107	36.213	7.566	12.817
14	3.2201	-2.3087	3.0717	4.2809	-4.492	9.8868	0.062	-0.0726	-0.2228	-0.0958	0.1504	0.2642	0.2033	-0.2963	-0.2124	-0.0745	-0.0339	-0.0072	-0.0499	0.0181	-0.045	1.687	-7.342	12.218
15	8.2272	4.54	-1.3242	7.2364	-0.8866	3.2759	0.1704	-0.3423	0.5939	-0.092	-0.1746	0.2175	-0.1729	0.0995	0.0042	-0.0414	0.0069	-0.0021	-0.0086	-0.0141	-0.0271	3.868	5.68	5.688
16	1.2335	-0.9382	1.296	3.2371	-3.8915	5.1241	0.0528	0.0025	0.0024	0.1365	-0.0571	0.0778	-0.0236	-0.0185	0.0043	-0.0741	-0.014	0.0079	-0.0456	0.0012	-0.0565	4.493	-0.689	5.814
17	0.1219	0.2025	-0.5017	3.8682	0.2875	2.4205	0.0233	-0.0219	-0.0333	-0.1106	-0.0275	0.358	0.3437	0.0577	0.0042	0.0107	0.0023	0.0169	-0.0185	0.0176	0.0463	29.41	-4.059	15.942
18	3.1584	3.9744	-4.4832	7.9238	-3.812	7.5088	0.3105	-0.283	0.0905	0.4748	-0.2083	-0.0421	-0.4518	0.4151	-0.1022	0.0137	-0.0097	-0.0151	0.0291	0.0109	-0.0172	10.257	0.554	18.108
19	2.5442	0.2278	-0.1052	1.7021	0.4398	1.3037	-0.0468	-0.0345	-0.0486	-0.014	-0.0084	-0.0593	-0.0155	0.0538	0.0552	-0.0514	-0.0138	0.0095	-0.0468	-0.0035	-0.0312	28.871	9.568	11.08
20	3.0774	2.513	-0.4261	2.7381	-1.361	3.2491	-0.0222	0.0558	0.1416	-0.1188	0.1387	0.1581	0.0373	-0.0755	-0.1165	-0.0529	-0.0048	-0.0041	-0.0438	0.0052	-0.0557	12.024	-0.009	3.654
21	3.3706	-1.889	1.9887	5.8461	3.1278	10.096	0.2098	-0.0683	-0.3016	0.2728	-0.187	-0.2544	0.5928	0.2793	-0.0228	-0.0933	-0.0244	-0.0053	-0.0598	0.0478	-0.0624	20.312	-2.588	16.254

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 5	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	94 - 99	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 10	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 5	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	94 - 99	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 10	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	11 - 20	11 - 20
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	21 - 32	21 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	33 - 43	33 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	11 - 20	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	21 - 32	21 - 32
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	33 - 43	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	44 - 56	44 - 56
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	44 - 56	44 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	57 - 62	57 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	63 - 68	63 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	69 - 76	69 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	57 - 62	57 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	63 - 68	63 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	69 - 76	69 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	77 - 85	77 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	77 - 85	77 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	86 - 93	86 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	86 - 93	86 - 93
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	J	508

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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