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- PDB-2fg9: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE 5-NITROIMIDAZOLE ANTIBIOTIC RESIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fg9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE 5-NITROIMIDAZOLE ANTIBIOTIC RESISTANCE PROTEIN (BT_3078) FROM BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 AT 2.20 A RESOLUTION
要素5-nitroimidazole antibiotic resistance protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PUTATIVE 5-NITROIMIDAZOLE ANTIBIOTIC RESISTANCE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / NICKEL (II) ION / : / 5-nitroimidazole antibiotic resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_811990.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR REMARK 300 INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). ASSIGNMENT OF THE BIOLOGICAL SUBUNIT AS A HEXAMER IS SUPPORTED BY DATA FROM SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING. HOWEVER, THE INTERACTIONS FORMING THE HEXAMER PRIMARILY INVOLVE THE EXPRESSION TAG, SO IT IS POSSIBLE THAT THE OLIGIMERIZATION STATE OF THE WILD-TYPE PROTEIN IS DIMERIC.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-nitroimidazole antibiotic resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9204
ポリマ－21,0141
非ポリマー9063
水82946
1
A: 5-nitroimidazole antibiotic resistance protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,51924
ポリマ－126,0826
非ポリマー5,43818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation38_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation43_555-x+1/2,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation48_555-z+1/2,-y+1/2,-x+1/21
Buried area26990 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.000, 134.000, 134.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-160-

NI

詳細ASSIGNMENT OF THE BIOLOGICAL SUBUNIT AS A HEXAMER IS SUPPORTED BY DATA FROM SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING. HOWEVER, THE INTERACTIONS FORMING THE HEXAMER PRIMARILY INVOLVE THE EXPRESSION TAG, SO IT IS POSSIBLE THAT THE OLIGIMERIZATION STATE OF THE WILD-TYPE PROTEIN IS DIMERIC.

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要素

#1: タンパク質 5-nitroimidazole antibiotic resistance protein


分子量: 21013.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: np_811990.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 29340391, UniProt: Q8A377*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.9
詳細: 0.2M (NH4)2HPO4, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9798, 0.9797, 1.0163
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月28日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.97971
31.01631
反射解像度: 2.2→28.57 Å / Num. obs: 10216 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22.58
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.755 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.289210.183.5520515185492
2.28-2.3798.23.96219631914
2.37-2.4898.85.2226911976
2.48-2.6198.57.22223001937
2.61-2.7798.510.11221841922
2.77-2.9899.214.65223761938
2.98-3.289924.62228971983
3.28-3.7699.438.23230271995
3.76-4.7299.354.75223591949
4.72-28.579960.58220072009

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→28.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 14.012 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.206
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. DENSITY FOR RESIDUES 81-86 AND 158-159 IS DISORDERED AND NOT MODELED. 3. ASSIGNMENT OF NI IS BASED ON COORDINATION NUMBER AND GEOMETRY. ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. DENSITY FOR RESIDUES 81-86 AND 158-159 IS DISORDERED AND NOT MODELED. 3. ASSIGNMENT OF NI IS BASED ON COORDINATION NUMBER AND GEOMETRY. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 516 4.8 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.224 ---
obs0.22392 10216 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.821 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1296 0 58 46 1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.9751946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79732844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2735172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2512465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97215228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.604156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.21181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3061.5874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2191.5348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69621367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1443673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3594.5579
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 40 -
Rwork0.288 735 -
obs--98.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.3046 Å / Origin y: 15.5919 Å / Origin z: 49.4336 Å
111213212223313233
T-0.1806 Å2-0.051 Å2-0.0552 Å2--0.1715 Å20.1867 Å2---0.0559 Å2
L1.8804 °20.3735 °21.0221 °2-1.2117 °20.2688 °2--2.6313 °2
S0.0898 Å °-0.1507 Å °-0.4012 Å °-0.0842 Å °-0.0059 Å °-0.2156 Å °-0.0851 Å °0.0382 Å °-0.0839 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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