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万見
- PDB-2ffv: Human ppGalNAcT-2 complexed with manganese and UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ffv
タイトルHuman ppGalNAcT-2 complexed with manganese and UDP
要素Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / ppGalNAcT / mucin / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane ...: / : / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / Golgi stack / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane / positive regulation of immunoglobulin production / protein maturation / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A ...N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Fritz, T.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Dynamic Association between the Catalytic and Lectin Domains of Human UDP-GalNAc:Polypeptide {alpha}-N-Acetylgalactosaminyltransferase-2
著者: Fritz, T.A. / Raman, J. / Tabak, L.A.
履歴
登録2005年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1786
ポリマ－114,2602
非ポリマー9184
水00
1
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5893
ポリマ－57,1301
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5893
ポリマ－57,1301
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子

A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,35612
ポリマ－228,5194
非ポリマー1,8368
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area15440 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area73650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)153.228, 153.228, 110.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is either one of the two monomers

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要素

#1: タンパク質 Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / E.C.2.4.1.41 / ppGalNAcT-2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / UDP-GalNAc:polypeptide N- ...ppGalNAcT-2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / Polypeptide GalNAc transferase 2 / GalNAc-T2 / pp-GaNTase 2


分子量: 57129.844 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic and lectin domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: Invitrogen pPIC9 vector with TEV-protease-cleavable, N-terminal engineered 6His tag
遺伝子: GALNT2 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168
参照: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, Hepes, MnCl2, EDTA, mercaptoethanol, UDP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97472 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97472 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.1 Å / Num. all: 34646 / Num. obs: 34265 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 64.6 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Separate catalytic domains of PDB entry 1XHB in which nonconserved residues were changed to alanine

1xhb


解像度: 2.75→49.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2290873.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1731 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.2251 34646 --
obs0.2251 34265 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.276 Å2 / ksol: 0.334354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9 Å20 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----4.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7780 0 52 0 7832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.662.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 265 4.9 %
Rwork0.367 5192 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3udp.param2ion.top
X-RAY DIFFRACTION4udp.topo2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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