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- PDB-2ffl: Crystal Structure of Dicer from Giardia intestinalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ffl
タイトルCrystal Structure of Dicer from Giardia intestinalis
要素Dicer
キーワードTRANSLATION / HYDROLASE / RNA interference / RNAi / PAZ domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA processing / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1440 / Giardia dicer, N-terminal / Giardia Dicer N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / paz domain / paz domain / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Ribonuclease III domain ...Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1440 / Giardia dicer, N-terminal / Giardia Dicer N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / paz domain / paz domain / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Beta Complex / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Endoribonuclease Dicer-like
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Doudna, J.A. / MacRae, I.J. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structural Basis of Double-Stranded RNA Processing by Dicer
著者: MacRae, I.J. / Zhou, K. / Li, F. / Repic, A. / Brooks, A.N. / Cande, W.Z. / Adams, P.D. / Doudna, J.A.
履歴
登録2005年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dicer
B: Dicer
C: Dicer
D: Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,90343
ポリマ－330,7604
非ポリマー2,14339
水97354
1
A: Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,34913
ポリマ－82,6901
非ポリマー65912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,18510
ポリマ－82,6901
非ポリマー4949
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,23911
ポリマ－82,6901
非ポリマー54910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1309
ポリマ－82,6901
非ポリマー4408
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Dicer
ヘテロ分子

B: Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,53423
ポリマ－165,3802
非ポリマー1,15421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area62720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.515, 174.101, 152.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYAA-1 - 7541 - 756
2ALAALABB0 - 7542 - 756
3ALAALAC - BC - B0 - 7542 - 756
4ALAALAD - BD - B0 - 7542 - 756

-
要素

#1: タンパク質
Dicer / E.C.3.1.26.3 / ribonuclease III


分子量: 82690.070 Da / 分子数: 4 / 変異: N-terminal GA residues / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia intestinalis (真核生物) / 株: Portland-1 / プラスミド: pFastBac HTa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf-9
参照: GenBank: 71078474, UniProt: A8BQJ3*PLUS, ribonuclease III
#2: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 400, 0.1M NaCl, 0.1M MnCl2, 0.1M MES, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月26日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)% possible obs
3.61787560.1421.0413.899.9
3.42352820.1741.006498.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.185099.410.0440.9743.6
6.498.1899.910.0841.0413.6
5.676.4999.910.1511.0253.7
5.165.6710010.1621.0363.6
4.795.1610010.1611.0563.6
4.54.7910010.1751.0623.5
4.284.599.910.2081.0283.5
4.094.2899.910.2621.0383.6
3.944.0999.910.3521.0773.4
3.83.9499.910.471.0743.6
8.65097.420.0421.0053.3
6.848.698.420.0880.9263.5
5.976.8499.320.191.0243.5
5.435.9799.620.2430.9723.5
5.045.4399.620.2321.0273.5
4.745.0499.720.2481.0143.5
4.54.7499.620.2691.0673.4
4.314.599.120.3210.9663.4
4.144.319920.3911.0083.4
44.1497.920.5031.0633.3
反射解像度: 3.33→50 Å / Num. all: 62442 / Num. obs: 60717 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.042
反射 シェル解像度: 3.33→3.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Num. unique all: 5983 / Χ2: 1.075 / % possible all: 99.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 3.07 Å / D res low: 49.69 Å / FOM : 0.16 / FOM acentric: 0.174 / FOM centric: 0 / 反射: 75847 / Reflection acentric: 69887 / Reflection centric: 5960
Phasing MAD set

R cullis centric: 1 / 最高解像度: 3.07 Å / 最低解像度: 49.69 Å / Power acentric: 0 / Power centric: 0

IDR cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
11.91.71.3698875960
21145.3200.6478924598
31165.3220318043278
Phasing MAD set shell

Power acentric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
117.14-49.691.9918.54.2327166
110.35-17.141.5318.25.51343330
17.42-10.351.3815.64.23092505
15.78-7.422.5714.91.75549670
14.73-5.782.112.91.18761863
14.01-4.731.8711.40.6126901032
13.48-4.014.7310.60.1173351166
13.07-3.48110.40.3207901228
217.14-49.6911186.4282.5327149
210.35-17.1411183.4255.51343322
27.42-10.3511171.2245.13092499
25.78-7.4211131.4167.75548665
24.73-5.7811147.9198.28757860
24.01-4.7311158.8203.9126841029
23.48-4.0111129.1171.1161411074
23.07-3.48000000
317.14-49.6911188.5277.6326144
310.35-17.1411194.7261.51339290
37.42-10.3511177.5246.73089449
35.78-7.4211139.8174.35549621
34.73-5.7811159.3210.88760833
34.01-4.7311174224.112556930
33.48-4.0111168208.818511
33.07-3.48000000
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1ANO101.868-0.043-0.232-0.9620
2ANO99.361-0.549-0.227-0.9430
3ANO128.896-0.694-0.025-0.3060
4ANO96.294-0.41-0.239-0.9120
5ANO125.743-0.212-0.011-0.2970
6ANO115.314-0.41-0.245-0.0570
7ANO104.514-0.796-0.008-0.1560
8ANO144.79-0.823-0.087-0.1170
9ANO106.65-0.655-0.014-0.1710
10ANO153.579-0.373-0.166-0.0910
11ANO83.474-0.79-0.082-0.130
12ANO103.943-0.448-0.231-0.9040
13ANO101.46-0.226-0.019-0.2710
14ANO118.164-0.192-0.001-0.1880
15ANO92.982-0.65-0.02-0.2050
16ANO98.448-0.522-0.22-0.9520
17ANO114.782-0.942-0.245-0.9310
18ANO62.223-0.603-0.083-0.9390
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
17.14-49.690.3160.4770493327166
10.35-17.140.420.523016731343330
7.42-10.350.4220.491035973092505
5.78-7.420.3720.417062195549670
4.73-5.780.3030.333096248761863
4.01-4.730.1940.21013722126901032
3.48-4.010.10.107018501173351166
3.07-3.4800022018207901228
Phasing dmFOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.66 / 反射: 75847 / Reflection acentric: 69887 / Reflection centric: 5960
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.8-49.6830.940.950.9334642768696
5.5-8.80.860.870.831028791361151
4.4-5.50.830.840.7812813117291084
3.9-4.40.760.760.71284311923920
3.3-3.90.550.550.4922701213511350
3.1-3.30.260.260.221373912980759

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.33→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 56.07 / SU ML: 0.435 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.568 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27452 3117 5 %RANDOM
Rwork0.24294 ---
all0.24451 62442 --
obs0.24451 62442 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.33→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22333 0 39 54 22426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02222846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.97731081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.96552863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83422.832904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.887153697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.03615156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.23622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.210503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.215961
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3780.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.514719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.132223292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05739012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8194.57789
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5485 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.380.25
2BTIGHT POSITIONAL0.410.25
3CTIGHT POSITIONAL0.280.25
4DTIGHT POSITIONAL0.390.25
1ATIGHT THERMAL0.462.5
2BTIGHT THERMAL0.422.5
3CTIGHT THERMAL0.412.5
4DTIGHT THERMAL0.392.5
LS精密化 シェル解像度: 3.33→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 230 -
Rwork0.272 4231 -
obs-4461 99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02450.04470.67110.26790.05560.5450.0152-0.0477-0.01640.0949-0.01850.06270.04080.00470.0033-0.2375-0.01610.0452-0.193-0.0008-0.162113.307962.007816.2874
21.6929-0.6161-0.80840.55030.37950.95090.0079-0.0113-0.0567-0.01120.01220.06040.05210.0164-0.0202-0.2372-0.0404-0.0015-0.23320.0226-0.128710.715825.5931-14.2775
30.86860.2865-0.78640.4834-0.48451.34060.05290.0410.0264-0.0226-0.0028-0.0029-0.13060.1575-0.05010.1961-0.09280.15540.0984-0.0029-0.003753.1348104.7967-48.4347
40.94810.07650.59010.30040.23761.0333-0.05840.3302-0.1903-0.20190.03820.0702-0.03030.25240.02030.0163-0.02620.0572-0.034-0.05480.016121.794768.4034-53.5682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 135
2X-RAY DIFFRACTION1A136 - 250
3X-RAY DIFFRACTION1A251 - 267
4X-RAY DIFFRACTION1A268 - 754
5X-RAY DIFFRACTION2B0 - 135
6X-RAY DIFFRACTION2B136 - 250
7X-RAY DIFFRACTION2B251 - 267
8X-RAY DIFFRACTION2B268 - 754
9X-RAY DIFFRACTION3C0 - 135
10X-RAY DIFFRACTION3C136 - 250
11X-RAY DIFFRACTION3C251 - 267
12X-RAY DIFFRACTION3C268 - 754
13X-RAY DIFFRACTION4D0 - 135
14X-RAY DIFFRACTION4D136 - 250
15X-RAY DIFFRACTION4D251 - 267
16X-RAY DIFFRACTION4D268 - 754

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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