[日本語] English
万見
- PDB-2ffk: Solution structure of the complex between poxvirus-encoded CC che... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ffk
タイトルSolution structure of the complex between poxvirus-encoded CC chemokine inhibitor vCCI and human MIP-1beta, minimized average structure
要素
  • Small inducible cytokine A4
  • rabbitpox encoded CC chemokine inhibitor
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN/CYTOKINE / protein-protein complex / Chemokine / pox virus / viral CC chemokine inhibitor / VIRUS-VIRAL PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / establishment or maintenance of cell polarity ...CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / establishment or maintenance of cell polarity / Interleukin-10 signaling / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of calcium-mediated signaling / cytokine activity / response to virus / response to toxic substance / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Chemokine-binding protein, viral / Major secreted virus protein / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). ...Chemokine-binding protein, viral / Major secreted virus protein / Viral Chemokine Inhibitor; Chain A / Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 35kDa major secreted protein / C-C motif chemokine 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rabbitpox virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Zhang, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Solution structure of the complex between poxvirus-encoded CC chemokine inhibitor vCCI and human MIP-1beta.
著者: Zhang, L. / Derider, M. / McCornack, M.A. / Jao, S.C. / Isern, N. / Ness, T. / Moyer, R. / Liwang, P.J.
履歴
登録2005年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: rabbitpox encoded CC chemokine inhibitor
B: Small inducible cytokine A4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7802
ポリマ－33,7802
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 rabbitpox encoded CC chemokine inhibitor / vCCI / 35 kDa / p35


分子量: 26157.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rabbitpox virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 生物種: Vaccinia virus / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168 / 参照: GenBank: 44971547, UniProt: O10647*PLUS
#2: タンパク質 Small inducible cytokine A4 / Macrophage inflammatory protein 1-beta / MIP-1-beta


分子量: 7622.421 Da / 分子数: 1 / Mutation: K45A, R46A, K48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL4, LAG1, MIP1B, SCYA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P13236
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1314D 13C/15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細内容: 0.5-2.0 mM / 溶媒系: 93% water/7% D2O
試料状態イオン強度: 100mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYNAMO3.1Frank Delaglio構造決定
DYNAMO3.1Frank Delaglio精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る