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- PDB-2ffh: THE SIGNAL SEQUENCE BINDING PROTEIN FFH FROM THERMUS AQUATICUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ffh
タイトルTHE SIGNAL SEQUENCE BINDING PROTEIN FFH FROM THERMUS AQUATICUS
要素PROTEIN (FFH)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / FFH / SRP54 / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / GTPASE / M DOMAIN / RNA-BINDING / SIGNAL SEQUENCE-BINDING / HELIX-TURN-HELIX / PROTEIN TARGETING
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle ...Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Signal recognition particle protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Keenan, R.J. / Freymann, D.M. / Walter, P. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the signal sequence binding subunit of the signal recognition particle.
著者: Keenan, R.J. / Freymann, D.M. / Walter, P. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Structure of the Conserved GTPase Domain of the Signal Recognition Particle.
著者: Freymann, D.M. / Keenan, R.J. / Stroud, R.M. / Walter, P.
履歴
登録1999年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FFH)
B: PROTEIN (FFH)
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,52122
ポリマ－140,4343
非ポリマー2,08719
水00
1
A: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4707
ポリマ－46,8111
非ポリマー6586
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3576
ポリマ－46,8111
非ポリマー5465
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6949
ポリマ－46,8111
非ポリマー8838
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: PROTEIN (FFH)
B: PROTEIN (FFH)
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FFH)
B: PROTEIN (FFH)
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FFH)
B: PROTEIN (FFH)
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,56366
ポリマ－421,3039
非ポリマー6,26057
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area32770 Å2
ΔGint-551 kcal/mol
Surface area161060 Å2
手法PISA
5
A: PROTEIN (FFH)
B: PROTEIN (FFH)
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FFH)
B: PROTEIN (FFH)
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,04244
ポリマ－280,8696
非ポリマー4,17438
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area27280 Å2
ΔGint-410 kcal/mol
Surface area101500 Å2
手法PISA
6
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,04244
ポリマ－280,8696
非ポリマー4,17438
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation5_566x-y,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation6_656-x+1,-x+y,-z+11
Buried area13980 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area115240 Å2
手法PISA
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area54650 Å2
手法PISA
8
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,38918
ポリマ－93,6232
非ポリマー1,76616
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area4280 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area38630 Å2
手法PISA
9
B: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,82713
ポリマ－93,6232
非ポリマー1,20411
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3660 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area39270 Å2
手法PISA
10
C: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (FFH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,05215
ポリマ－93,6232
非ポリマー1,42913
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area40820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.050, 195.050, 335.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The bacterial SRP contains one molecule of Ffh bound to one molecule of SRP RNA.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FFH) / FIFTY-FOUR HOMOLOG / P48


分子量: 46811.449 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-425 / 変異: A48T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE EXPRESSION INSERT WAS GENERATED BY PCR / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / プラスミド: PET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/PLYSE / 参照: UniProt: O07347
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PROTEIN AT 20 MG/ML IN 5 MM HEPES, PH 7.5. CRYSTALLIZED AT RT BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1.2 M SODIUM ACETATE, 0.12 M CADMIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 20 MM LITHIUM DODECYL ...詳細: PROTEIN AT 20 MG/ML IN 5 MM HEPES, PH 7.5. CRYSTALLIZED AT RT BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 1.2 M SODIUM ACETATE, 0.12 M CADMIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 20 MM LITHIUM DODECYL SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
25 mMHEPES1drop
31.2 M1reservoirNaOAc
40.1 MTris-HCl1reservoir
5120 mM1reservoirCdSO4
620 mMlithium dodecyl sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.928
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1997年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 40702 / Num. obs: 36791 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.36 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3914 / % possible all: 79.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
RAVEモデル構築
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FFH

1ffh


解像度: 3.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was refined using the maximum likelihood target with individual b-factor refinement and bulk solvent correction.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1862 5.1 %Random
Rwork0.257 ---
all-40702 --
obs-36791 90.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9453 0 31 0 9484
Refine LS restraints NCSNCS model details: THROUGHOUT REFINEMENT TIGHT NCS RESTRAINTS WERE APPLIED SEPARATELY TO EACH OF THE THREE DOMAINS OF FFH -- N (RESIDUES 1-86), G (RESIDUES 87-307) AND M (RESIDUES 319-418). DURING ...NCS model details: THROUGHOUT REFINEMENT TIGHT NCS RESTRAINTS WERE APPLIED SEPARATELY TO EACH OF THE THREE DOMAINS OF FFH -- N (RESIDUES 1-86), G (RESIDUES 87-307) AND M (RESIDUES 319-418). DURING THE FINAL STAGES OF REBUILDING AND REFINEMENT, NCS RESTRAINTS WERE RELAXED FOR RESIDUES 271-279 (THE CLOSING LOOP), 295-307 (HINGE) AND 345-356 (C-TERMINAL HALF OF THE FINGER LOOP), WHICH ARE INVOLVED IN EITHER CRYSTALLOGRAPHIC OR NON- CRYSTALLOGRAPHIC PACKING CONTACTS.
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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