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- PDB-2ffb: The crystal structure of the HlyB-NBD E631Q mutant in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ffb
タイトルThe crystal structure of the HlyB-NBD E631Q mutant in complex with ADP
要素Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC-transporter / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


type I protein secretion system complex / protein secretion by the type I secretion system / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily ...ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zaitseva, J. / Oswald, C. / Jumpertz, T. / Jenewein, S. / Holland, I.B. / Schmitt, L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: A structural analysis of asymmetry required for catalytic activity of an ABC-ATPase domain dimer.
著者: Zaitseva, J. / Oswald, C. / Jumpertz, T. / Jenewein, S. / Wiedenmann, A. / Holland, I.B. / Schmitt, L.
履歴
登録2005年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1792
ポリマ－27,7521
非ポリマー4271
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.568, 34.748, 37.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-755-

HOH

21A-759-

HOH

31A-821-

HOH

41A-826-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB


分子量: 27751.865 Da / 分子数: 1 / 断片: amino acids 467-707 / 変異: E631Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hlyB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P08716
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, 16% PEG 6000, 5% MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 16370 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 16370 / Rsym value: 0.277 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1MT0

1mt0


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.819 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.3 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25023 876 5.1 %RANDOM
Rwork0.20161 ---
obs0.20403 16370 94.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.036 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å2-3.29 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 27 128 2067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.021836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9742664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83734266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4845242
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.22218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21138
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6331.51202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9521942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2143768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3774.5722
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.301 64
Rwork0.297 1118
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45640.45610.17871.05940.1490.5826-0.02890.03460.08750.076-0.01450.03020.07950.02550.04330.09110.0130.05710.1108-0.0220.049325.386-3.606220.7582
23.2891-0.88231.51490.5248-0.35791.8783-0.3504-0.22510.2971-0.20810.0030.247-0.19290.01830.34740.05190.0034-0.09150.0658-0.05380.21828.63669.04697.5587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA465 - 5505 - 90
2X-RAY DIFFRACTION1AA626 - 707166 - 247
3X-RAY DIFFRACTION2AA551 - 62591 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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