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Yorodumi- PDB-1xef: Crystal structure of the ATP/Mg2+ bound composite dimer of HlyB-NBD -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1xef | ||||||
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Title | Crystal structure of the ATP/Mg2+ bound composite dimer of HlyB-NBD | ||||||
Components | Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ABC-transporter / ATPase / Haemolysin B / ATP-dependent transport protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information type I protein secretion system complex / protein secretion by the type I secretion system / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Zaitseva, J. / Jenewein, S. / Holland, I.B. / Schmitt, L. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2005 Title: H662 is the linchpin of ATP hydrolysis in the nucleotide-binding domain of the ABC transporter HlyB Authors: Zaitseva, J. / Jenewein, S. / Jumpertz, T. / Holland, I.B. / Schmitt, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1xef.cif.gz | 200.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1xef.ent.gz | 159.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1xef.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1xef_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1xef_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 1xef_validation.xml.gz | 37.3 KB | Display | |
Data in CIF | 1xef_validation.cif.gz | 50 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xef | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1mt0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26856.898 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: HlyB-NBD(residues 467-707) / Mutation: H662A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Plasmid: pPSG116 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DH5alpha / References: UniProt: P08716 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-ATP / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 45.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: Sodium acetate, isopropanol, PEG-MME 5500, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MPG/DESY, HAMBURG / Beamline: BW6 / Wavelength: 1.05 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2004 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.05 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→95.35 Å / Num. all: 33496 / Num. obs: 33295 / % possible obs: 99.38 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.8 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 23.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MT0 Resolution: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 22.41 / SU ML: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(I): 2.8 / ESU R: 1.141 / ESU R Free: 0.327 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.109 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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