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- PDB-1xef: Crystal structure of the ATP/Mg2+ bound composite dimer of HlyB-NBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xef
タイトルCrystal structure of the ATP/Mg2+ bound composite dimer of HlyB-NBD
要素Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC-transporter / ATPase (ATPアーゼ) / Haemolysin B / ATP-dependent transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type I secretion system / type I protein secretion system complex / : / toxin transmembrane transporter activity / secretion by cell / ABC-type transporter activity / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily ...ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zaitseva, J. / Jenewein, S. / Holland, I.B. / Schmitt, L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: H662 is the linchpin of ATP hydrolysis in the nucleotide-binding domain of the ABC transporter HlyB
著者: Zaitseva, J. / Jenewein, S. / Jumpertz, T. / Holland, I.B. / Schmitt, L.
履歴
登録2004年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
B: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
C: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
D: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,55412
ポリマ－107,4284
非ポリマー2,1268
水3,099172
1
A: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
B: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7776
ポリマ－53,7142
非ポリマー1,0634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA
2
C: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
D: Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7776
ポリマ－53,7142
非ポリマー1,0634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.926, 194.917, 63.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB / HlyB


分子量: 26856.898 Da / 分子数: 4 / 断片: HlyB-NBD(residues 467-707) / 変異: H662A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pPSG116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P08716
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Sodium acetate, isopropanol, PEG-MME 5500, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→95.35 Å / Num. all: 33496 / Num. obs: 33295 / % possible obs: 99.38 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MT0

1mt0


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 22.41 / SU ML: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.8 / ESU R: 1.141 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26426 1761 5 %RANDOM
Rwork0.21944 ---
all0.22177 34986 --
obs0.22177 33295 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å2-0.4 Å2
2--3.05 Å20 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7552 0 128 172 7852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.99210540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2185960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95424.138348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.188151432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.361564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.23539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.25323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0860.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2351.54934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.42527708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.27633204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5074.52832
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 126 -
Rwork0.313 2429 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4237-0.3503-0.19112.2912-0.10875.7636-0.02510.2523-0.3377-0.16270.04640.00040.18880.1758-0.0213-0.1676-0.0345-0.0142-0.1105-0.0502-0.09413.342-1.46-12.098
23.40153.5608-0.95199.51960.920110.6477-0.42530.2568-0.27530.38610.1393-0.08141.4842-0.29510.28610.19860.03510.0383-0.2929-0.08310.1273-2.79-19.1425.483
31.81840.4502-0.47881.8688-1.56295.4570.0679-0.37340.06820.1812-0.1624-0.1578-0.08670.47410.0945-0.0826-0.034-0.0421-0.0457-0.0051-0.05122.612.6620.64
44.6912-2.1096-0.48379.70592.27435.53370.131-0.0336-0.0860.1318-0.22170.4222-0.1211-0.63410.0908-0.10460.01550.0175-0.16490.0181-0.0456-12.04914.4743.488
52.58240.1520.43142.6527-0.04115.7616-0.0292-0.2340.30420.21380.0602-0.0932-0.24530.3024-0.0309-0.1709-0.001-0.026-0.1222-0.0345-0.073625.71147.18313.304
66.2167-5.5318-0.104713.5448-0.14135.8207-0.1513-0.35330.2805-0.15850.0518-0.3102-0.8708-0.25160.09960.0951-0.03730.0221-0.3832-0.0480.106518.71264.588-4.196
71.72090.0205-0.04591.9149-1.62296.05630.08830.4641-0.0972-0.2259-0.1915-0.17540.2160.46220.1032-0.06750.05790.0090.01310.0128-0.036225.04543.056-19.403
85.71213.1446-0.56479.26031.96335.53410.00560.07350.2095-0.2109-0.20740.54670.1892-0.5260.2018-0.0707-0.0108-0.0564-0.18620.0118-0.008410.44631.187-2.303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA467 - 5491 - 83
2X-RAY DIFFRACTION1AA624 - 707158 - 241
3X-RAY DIFFRACTION2AA550 - 62384 - 157
4X-RAY DIFFRACTION3BB467 - 5491 - 83
5X-RAY DIFFRACTION3BB624 - 707158 - 241
6X-RAY DIFFRACTION4BB550 - 62384 - 157
7X-RAY DIFFRACTION5CC467 - 5491 - 83
8X-RAY DIFFRACTION5CC624 - 707158 - 241
9X-RAY DIFFRACTION6CC550 - 62384 - 157
10X-RAY DIFFRACTION7DD467 - 5491 - 83
11X-RAY DIFFRACTION7DD624 - 707158 - 241
12X-RAY DIFFRACTION8DD550 - 62384 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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