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- PDB-2fdt: Solution structure of a conserved RNA hairpin of eel LINE UnaL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdt
タイトルSolution structure of a conserved RNA hairpin of eel LINE UnaL2
要素36-mer
キーワードRNA / RDC / LINE / retrotransposition / RNA hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Nomura, Y. / Baba, S. / Nakazato, S. / Sakamoto, T. / Kajikawa, M. / Okada, N. / Kawai, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Solution structure and functional importance of a conserved RNA hairpin of eel LINE UnaL2
著者: Nomura, Y. / Kajikawa, M. / Baba, S. / Nakazato, S. / Imai, T. / Sakamoto, T. / Okada, N. / Kawai, G.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 36-mer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5601
ポリマ－11,5601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 36-mer


分子量: 11559.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: LINE36 were synthesized enzymatically by in vitro transcription with AmpliScribe T7 or T7 Flash transcription kits (Epicentre Technologies Co.) using by 13C- and 15N-labeled NTPs (Taiyo Nippon sanso).

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY, 2D TOCSY
1222D NOESY, 2D TOCSY, DQF-COSY, HP-COSY
1332D HNN-COSY, 2D HSQC
144HCP, HALF FILTERED NOESY, 2D HSQC, 2D TROSY
1552D HNN-COSY, 2D HSQC
166HCP, HALF FILTERED NOESY, 2D HSQC, 2D TROSY
1772D HSQC, 2D TROSY
1882D HSQC, 2D TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9mM RNA; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.9mM RNA; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 100% D2O100% D2O
30.3mM RNA U-15N, 13C-GUANOSINE, CYTIDINE; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
40.3mM RNA U-15N, 13C-GUANOSINE, CYTIDINE; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 100% D2O100% D2O
50.9mM RNA U-15N, 13C-ADENOSINE, URIDINE; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
60.9mM RNA U-15N, 13C-ADENOSINE, URIDINE; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 100% D2O100% D2O
70.3mM RNA U-15N, 13C-GUANOSINE, CYTIDINE; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 16mg/ml PF1 BACTERIAPHAGE; 100% D2O100% D2O
80.9mM RNA U-15N, 13C-ADENOSINE, URIDINE; 10mM PHOSPHATE BUFFER (pH 6.0); 50mM NACL; 16mg/ml PF1 BACTERIAPHAGE; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR2.6collection
Felix97データ解析
Discover97構造決定
XPLOR-NIH2.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 404 NOE distance restraints including the seven restraints for the absence of NOE cross peaks, 182 dihedral restraints, 62 hydrogen bonding restraints, 11 planarity restraints and ...詳細: A total of 404 NOE distance restraints including the seven restraints for the absence of NOE cross peaks, 182 dihedral restraints, 62 hydrogen bonding restraints, 11 planarity restraints and 144 chiral restraints were used.Furthermore, refinement structures using 75 RDC restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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