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- PDB-2fdn: 2[4FE-4S] FERREDOXIN FROM CLOSTRIDIUM ACIDI-URICI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdn
タイトル2[4FE-4S] FERREDOXIN FROM CLOSTRIDIUM ACIDI-URICI
要素FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR / 4FE-4S
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
7Fe ferredoxin / Alpha-Beta Plaits - #20 / : / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / 4Fe-4S ferredoxin FdxA
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acidurici (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / TAKEN FROM PDB ENTRY 1FDN / 解像度: 0.94 Å
データ登録者Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Sieker, L.C. / Meyer, J. / Moulis, J.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Atomic resolution (0.94 A) structure of Clostridium acidurici ferredoxin. Detailed geometry of [4Fe-4S] clusters in a protein.
著者: Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Sieker, L.C. / Meyer, J. / Moulis, J.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Refined Crystal Structure of the 2[4Fe-4S] Ferredoxin from Clostridium Acidurici at 1.84 A Resolution
著者: Duee, E.D. / Fanchon, E. / Vicat, J. / Sieker, L.C. / Meyer, J. / Moulis, J.M.
履歴
登録1997年10月1日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2433
ポリマ－5,5401
非ポリマー7032
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.950, 33.950, 74.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-149-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN


分子量: 5540.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium acidurici (バクテリア) / 参照: UniProt: P00198
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 7
詳細: 55-60% AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRISMALEATE PH 6.6-7.0 MIXED 1:1 WITH 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION.
PH範囲: 6.6-7.0
結晶化
*PLUS
温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
255-60 %satammonium sulfate1drop
3100 mMTrisMaleate1drop
455-60 %satammonium sulfate1reservoir
5100 mMTrisMaleate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.883
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.94→20 Å / Num. obs: 28084 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 0.94→0.95 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 47452
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: TAKEN FROM PDB ENTRY 1FDN / 解像度: 0.94→20 Å / Num. parameters: 5145 / Num. restraintsaints: 5081 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: NO RESTRAINTS ON [4FE-4S] CLUSTERS /
Rfactor反射数%反射
obs0.1003 -98.7 %
all-47452 -
溶媒の処理溶媒モデル: SHELX SWAT
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 272 / Occupancy sum non hydrogen: 472
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.94→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数381 0 16 96 493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.36
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.075
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_planar_d0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_mcbond_it0.78
X-RAY DIFFRACTIONs_scbond_it1.97
X-RAY DIFFRACTIONs_mcangle_it1.03
X-RAY DIFFRACTIONs_scangle_it2.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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