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万見
- PDB-2fdc: Structural Basis of DNA Damage Recognition and Processing by UvrB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdc
タイトルStructural Basis of DNA Damage Recognition and Processing by UvrB: crystal structure of a UvrB/DNA complex
要素
  • 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
  • UvrABC system protein B
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / UvrB / UvrC / UvrD / UvrA / NER / nucleotide excision repair / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #240 / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...Helix Hairpins - #240 / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FLQ / DNA / DNA (> 10) / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldotenax (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Truglio, J.J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for DNA recognition and processing by UvrB.
著者: Truglio, J.J. / Karakas, E. / Rhau, B. / Wang, H. / DellaVecchia, M.J. / Van Houten, B. / Kisker, C.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN FLQ IS A FLUORESCEIN ADDUCT. IT IS ONLY PARTIALLY ORDERED IN THE STRUCTURE AND IS LINKED ...HETEROGEN FLQ IS A FLUORESCEIN ADDUCT. IT IS ONLY PARTIALLY ORDERED IN THE STRUCTURE AND IS LINKED TO THE THYMINE 11 THROUGH ATOMS NOT SEEN IN THE DENSITY.
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS STATE THE SEQUENCE DATABASE IS INCORRECT AT THESE RESIDUES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
D: 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
A: UvrABC system protein B
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,7205
ポリマ－163,2044
非ポリマー5171
水00
1
D: 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
A: UvrABC system protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6022
ポリマ－81,6022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3'
B: UvrABC system protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1183
ポリマ－81,6022
非ポリマー5171
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.265, 153.265, 160.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological unit is a monomer. There are two monomers in the asymmetric unit.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3'


分子量: 6014.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 UvrABC system protein B / UvrB protein / Excinuclease ABC subunit B


分子量: 75587.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldotenax (バクテリア)
遺伝子: uvrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56981
#3: 化合物 ChemComp-FLQ / N-[6-(ACETYLAMINO)HEXYL]-3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-6-CARBOXAMIDE / FLUORESCEIN ADDUCT


分子量: 516.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28N2O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20mM MgCl2, 14% PEG3000, 80mM sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月12日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.8 % / 数: 33350 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.36 / D res high: 3.3 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.15099.310.0411.1997.4
5.647.110010.0911.2817.8
4.935.6410010.0951.2787.9
4.484.9310010.0971.3237.9
4.164.4810010.131.4647.9
3.914.1610010.1771.347.9
3.723.9110010.2371.4157.9
3.553.7210010.31.5127.9
3.423.5510010.4111.4048
3.33.4210010.5481.3767.9
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 33350 / Num. obs: 33350 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.36
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Num. unique all: 3332 / Χ2: 1.376 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 41.024 / SU ML: 0.32 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1580 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.207 33350 --
obs0.21 31873 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.97 Å20.98 Å20 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----2.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8803 343 32 0 9178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0229372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.372.02812736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.796319847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.07851085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24823.363455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42151633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0521597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.29792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.24515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.25714
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0690.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1890.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.61325725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.22922201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62638812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25524402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.17433924
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.376 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 105 -
Rwork0.264 2048 -
obs-2153 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6991-0.62130.48491.79230.00011.46560.096-0.3232-0.3662-0.207-0.03480.08070.20290.0986-0.0612-0.10070.1136-0.0346-0.0270.0483-0.09641.50340.6203159.7176
21.525-0.59030.8651.0985-0.48181.71970.197-0.0576-0.2113-0.2122-0.00670.03160.35230.0896-0.1903-0.0430.1195-0.0912-0.0867-0.0147-0.029841.096940.209181.4207
32.2837-2.1939-0.61462.79280.54660.54540.51760.11880.057-0.6623-0.3785-0.1963-0.3252-0.2273-0.1390.2120.19280.0854-0.13090.0007-0.180958.664736.4918133.5855
42.53310.63260.13752.1024-0.27172.3452-0.14740.8519-0.1649-0.2755-0.00010.05660.1778-0.32250.14750.130.0731-0.09980.0977-0.1877-0.234356.827318.601927.9459
51.1912-1.0076-0.40781.7540.29290.47880.11650.01760.0016-0.0988-0.0602-0.0042-0.1543-0.1706-0.05630.0090.1227-0.0098-0.091-0.0084-0.087259.961536.193255.3648
62.2449-1.74031.79182.107-0.22833.20810.3823-0.0015-0.037-0.434-0.369-0.2306-0.0715-0.0797-0.01330.110.07810.0601-0.1725-0.0043-0.091379.931812.7035129.9983
71.1635-1.02211.17692.3395-1.41062.79710.0346-0.0001-0.1312-0.1393-0.0197-0.02260.03570.0799-0.0149-0.01740.04390.0019-0.1514-0.0214-0.034780.57039.809151.4056
84.0804-2.3626-6.03843.022710.554139.04020.84251.190.44562.0648-1.58130.707-0.10380.01450.7388-0.02530.04750.0663-0.09670.0078-0.005664.350121.770471.645
93.1487-2.2884-4.14621.66663.12969.3971-0.0791-0.1947-0.71520.29470.00190.3223-0.020.15990.07720.02170.0070.0397-0.09650.0257-0.0159.611221.018162.7406
1011.8623-11.9243-11.901212.543110.476815.91090.07110.1594-1.4463-0.2223-1.09511.1056-0.28040.0161.0241-0.02530.00280.0266-0.16270.01110.089163.346218.7971137.0519
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AC414 - 593414 - 593
22BD414 - 593414 - 593
33AC5 - 905 - 90
43AC117 - 159117 - 159
53AC320 - 413320 - 413
64BD156 - 247156 - 247
75BD2 - 902 - 90
85BD117 - 155117 - 155
95BD320 - 413320 - 413
106AC243 - 319243 - 319
117BD248 - 319248 - 319
128CA1 - 51 - 5
139CA13 - 1913 - 19
149CE473
1510DB15 - 1915 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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