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万見
- PDB-2fd7: X-ray Crystal Structure of Chemically Synthesized Crambin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fd7
タイトルX-ray Crystal Structure of Chemically Synthesized Crambin
要素Crambin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / crambin
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Bang, D. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2009
タイトル: Role of a salt bridge in the model protein crambin explored by chemical protein synthesis: X-ray structure of a unique protein analogue, [V15A]crambin-alpha-carboxamide.
著者: Bang, D. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crambin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7381
ポリマ－4,7381
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.924, 104.924, 104.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-137-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Crambin


分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The protein was chemically synthesized. The sequence of the protein can be naturally found in Crambe abyssinica (Abyssinian crambe).
参照: UniProt: P01542
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The native crambin crystals were grown from the aqueous solution by mixing a 2 ul aliquot of a crambin (10 mg/ml in pH 8.0, 100mM HEPES buffer containing 150mM NaCl) and 2 ul of a 0.8 M ...詳細: The native crambin crystals were grown from the aqueous solution by mixing a 2 ul aliquot of a crambin (10 mg/ml in pH 8.0, 100mM HEPES buffer containing 150mM NaCl) and 2 ul of a 0.8 M succinic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 9519 / Num. obs: 9070
反射 シェル解像度: 1.75→1.795 Å

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 3.188 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18476 449 4.7 %RANDOM
Rwork0.15887 ---
all0.16014 ---
obs0.16014 9070 92.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.323 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数325 0 0 80 405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.97464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2563691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.982545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2682310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.3811543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.067152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0550.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1340.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9771.5296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2051.593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1052376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9333125
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8314.588
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.455 15
Rwork0.346 334
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.5131 Å / Origin y: 37.3508 Å / Origin z: 57.6295 Å
111213212223313233
T-0.0359 Å2-0.0022 Å2-0.0048 Å2--0.0334 Å2-0.0007 Å2---0.0338 Å2
L2.75 °21.542 °2-1.0611 °2-1.3766 °2-0.7058 °2--2.0825 °2
S-0.1056 Å °0.1859 Å °-0.0482 Å °-0.1035 Å °0.0866 Å °0.0286 Å °0.1276 Å °-0.1297 Å °0.0189 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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