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万見
- PDB-2fcb: HUMAN FC GAMMA RECEPTOR IIB ECTODOMAIN (CD32) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fcb
タイトルHUMAN FC GAMMA RECEPTOR IIB ECTODOMAIN (CD32)
要素PROTEIN (FC GAMMA RIIB)
キーワードIMMUNE SYSTEM / RECEPTOR / FC / CD32
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of type I hypersensitivity / negative regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / immune effector process / follicular dendritic cell activation / immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of B cell antigen processing and presentation / regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of humoral immune response ...negative regulation of type I hypersensitivity / negative regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / immune effector process / follicular dendritic cell activation / immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of B cell antigen processing and presentation / regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of humoral immune response / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / low-affinity IgG receptor activity / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / negative regulation of B cell activation / negative regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of macrophage activation / IgG receptor activity / mature B cell differentiation involved in immune response / follicular B cell differentiation / regulation of adaptive immune response / cellular response to molecule of bacterial origin / negative regulation of immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative regulation of neutrophil activation / regulation of signaling receptor activity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / negative regulation of cytokine production / negative regulation of phagocytosis / phagocytosis, engulfment / negative regulation of interleukin-10 production / regulation of innate immune response / negative regulation of B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / cerebellum development / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of JNK cascade / response to bacterium / defense response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production / amyloid-beta binding / cell body / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Sondermann, P. / Huber, R. / Jacob, U.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the soluble form of the human fcgamma-receptor IIb: a new member of the immunoglobulin superfamily at 1.7 A resolution.
著者: Sondermann, P. / Huber, R. / Jacob, U.
履歴
登録1999年1月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FC GAMMA RIIB)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4291
ポリマ－19,4291
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.830, 50.920, 80.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FC GAMMA RIIB) / CD32


分子量: 19428.633 Da / 分子数: 1 / 断片: ECTODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCYTE / プラスミド: PET11D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31994
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化pH: 5.3 / 詳細: 33% PEG 2000, 0.2M NAOAC, PH5.4, pH 5.3
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
22 mMMPS1drop
3150 mM1dropNaCl
40.02 %sodium azide1drop
533 %PEG20001reservoir
60.2 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→99 Å / Num. obs: 18009 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル最高解像度: 1.74 Å / % possible all: 86.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
X-PLOR精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.74→8 Å / Data cutoff high absF: 100000000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 -5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 18009 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 0 150 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it18.8
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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