ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→40.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 552172.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.273 | 1953 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.239 | - | - | - |
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obs | 0.239 | 39383 | 93.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.6582 Å2 / ksol: 0.345433 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.63 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.56 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.19 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.34 Å | 0.27 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.28 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→40.29 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3261 | 0 | 0 | 178 | 3439 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d27.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.88 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it5.15 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it7.12 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it6.87 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it9.79 | 2.5 | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.77→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.407 | 83 | 4.4 % |
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Rwork | 0.355 | 1812 | - |
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obs | - | - | 24.5 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | temp.dummy.param | X-RAY DIFFRACTION | 3 | carbohydrate.param | X-RAY DIFFRACTION | 4 | water_rep.param | X-RAY DIFFRACTION | 5 | ion.param | | | | | | |
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