PDB-2fah: The structure of mitochondrial PEPCK, Complex with Mn and GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fah

タイトル

The structure of mitochondrial PEPCK, Complex with Mn and GDP

要素

Phosphoenolpyruvate carboxykinase

キーワード

LYASE / phosphoenolpyruvate carboxykinase / PEPCK / PCK / PEP / GDP / kinase / phosphoryl transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

eggshell formation / egg-laying behavior / Gluconeogenesis / regulation of viral process / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / embryonic organ morphogenesis / propionate catabolic process / vitellogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Holyoak, T. / Sullivan, S.M. / Nowak, T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural Insights into the Mechanism of PEPCK Catalysis
著者: Holyoak, T. / Sullivan, S.M. / Nowak, T.

履歴

登録	2005年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

Sequence The changes in the protein sequence represent errors in the original published sequence. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fah.cif.gz	512.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fah.ent.gz	413.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/2fah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/2fah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fafC 2qzyC 2fag PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1khg-d 6crt-d 1jvn-1 5kyj-1 3lmw-2 3ipu-d 6y20-d 3il5-1 6k9g-1 3gn6-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

C: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

D: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

ヘテロ分子

273 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

ヘテロ分子

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68.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Phosphoenolpyruvate carboxykinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.595, 90.852, 103.339
Angle α, β, γ (deg.)	64.23, 73.74, 71.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLN	GLN	1	A	A	74 - 79	41 - 46
2	1	LEU	LEU	GLN	GLN	1	B	B	74 - 79	41 - 46
3	1	LEU	LEU	GLN	GLN	1	C	C	74 - 79	41 - 46
4	1	LEU	LEU	GLN	GLN	1	D	D	74 - 79	41 - 46
5	2	VAL	VAL	SER	SER	1	A	A	61 - 67	28 - 34
6	2	VAL	VAL	SER	SER	1	B	B	61 - 67	28 - 34
7	2	VAL	VAL	SER	SER	1	C	C	61 - 67	28 - 34
8	2	VAL	VAL	SER	SER	1	D	D	61 - 67	28 - 34
9	3	LEU	LEU	PRO	PRO	1	A	A	55 - 58	22 - 25
10	3	LEU	LEU	PRO	PRO	1	B	B	55 - 58	22 - 25
11	3	LEU	LEU	PRO	PRO	1	C	C	55 - 58	22 - 25
12	3	LEU	LEU	PRO	PRO	1	D	D	55 - 58	22 - 25
13	4	ALA	ALA	VAL	VAL	1	A	A	144 - 146	111 - 113
14	4	ALA	ALA	VAL	VAL	1	B	B	144 - 146	111 - 113
15	4	ALA	ALA	VAL	VAL	1	C	C	144 - 146	111 - 113
16	4	ALA	ALA	VAL	VAL	1	D	D	144 - 146	111 - 113
17	5	GLU	GLU	MET	MET	1	A	A	148 - 166	115 - 133
18	5	GLU	GLU	MET	MET	1	B	B	148 - 166	115 - 133
19	5	GLU	GLU	MET	MET	1	C	C	148 - 166	115 - 133
20	5	GLU	GLU	MET	MET	1	D	D	148 - 166	115 - 133
21	6	GLY	GLY	THR	THR	1	A	A	177 - 194	144 - 161
22	6	GLY	GLY	THR	THR	1	B	B	177 - 194	144 - 161
23	6	GLY	GLY	THR	THR	1	C	C	177 - 194	144 - 161
24	6	GLY	GLY	THR	THR	1	D	D	177 - 194	144 - 161
25	7	LEU	LEU	GLU	GLU	1	A	A	221 - 244	188 - 211
26	7	LEU	LEU	GLU	GLU	1	B	B	221 - 244	188 - 211
27	7	LEU	LEU	GLU	GLU	1	C	C	221 - 244	188 - 211
28	7	LEU	LEU	GLU	GLU	1	D	D	221 - 244	188 - 211
29	8	TRP	TRP	ASP	ASP	1	A	A	322 - 337	289 - 304
30	8	TRP	TRP	ASP	ASP	1	B	B	322 - 337	289 - 304
31	8	TRP	TRP	ASP	ASP	1	C	C	322 - 337	289 - 304
32	8	TRP	TRP	ASP	ASP	1	D	D	322 - 337	289 - 304
33	9	PRO	PRO	ARG	ARG	1	A	A	528 - 538	495 - 505
34	9	PRO	PRO	ARG	ARG	1	B	B	528 - 538	495 - 505
35	9	PRO	PRO	ARG	ARG	1	C	C	528 - 538	495 - 505
36	9	PRO	PRO	ARG	ARG	1	D	D	528 - 538	495 - 505
37	10	TRP	TRP	ASP	ASP	1	A	A	439 - 441	406 - 408
38	10	TRP	TRP	ASP	ASP	1	B	B	439 - 441	406 - 408
39	10	TRP	TRP	ASP	ASP	1	C	C	439 - 441	406 - 408
40	10	TRP	TRP	ASP	ASP	1	D	D	439 - 441	406 - 408
41	11	GLY	GLY	PRO	PRO	1	A	A	444 - 457	411 - 424
42	11	GLY	GLY	PRO	PRO	1	B	B	444 - 457	411 - 424
43	11	GLY	GLY	PRO	PRO	1	C	C	444 - 457	411 - 424
44	11	GLY	GLY	PRO	PRO	1	D	D	444 - 457	411 - 424
45	12	GLY	GLY	TRP	TRP	1	A	A	459 - 469	426 - 436
46	12	GLY	GLY	TRP	TRP	1	B	B	459 - 469	426 - 436
47	12	GLY	GLY	TRP	TRP	1	C	C	459 - 469	426 - 436
48	12	GLY	GLY	TRP	TRP	1	D	D	459 - 469	426 - 436
49	13	HIS	HIS	SER	SER	1	A	A	471 - 481	438 - 448
50	13	HIS	HIS	SER	SER	1	B	B	471 - 481	438 - 448
51	13	HIS	HIS	SER	SER	1	C	C	471 - 481	438 - 448
52	13	HIS	HIS	SER	SER	1	D	D	471 - 481	438 - 448
53	14	ALA	ALA	HIS	HIS	1	A	A	483 - 489	450 - 456
54	14	ALA	ALA	HIS	HIS	1	B	B	483 - 489	450 - 456
55	14	ALA	ALA	HIS	HIS	1	C	C	483 - 489	450 - 456
56	14	ALA	ALA	HIS	HIS	1	D	D	483 - 489	450 - 456
57	15	MET	MET	LEU	LEU	1	A	A	495 - 521	462 - 488
58	15	MET	MET	LEU	LEU	1	B	B	495 - 521	462 - 488
59	15	MET	MET	LEU	LEU	1	C	C	495 - 521	462 - 488
60	15	MET	MET	LEU	LEU	1	D	D	495 - 521	462 - 488
61	16	PHE	PHE	ILE	ILE	1	A	A	544 - 559	511 - 526
62	16	PHE	PHE	ILE	ILE	1	B	B	544 - 559	511 - 526
63	16	PHE	PHE	ILE	ILE	1	C	C	544 - 559	511 - 526
64	16	PHE	PHE	ILE	ILE	1	D	D	544 - 559	511 - 526
65	17	LYS	LYS	ARG	ARG	1	A	A	601 - 612	568 - 579
66	17	LYS	LYS	ARG	ARG	1	B	B	601 - 612	568 - 579
67	17	LYS	LYS	ARG	ARG	1	C	C	601 - 612	568 - 579
68	17	LYS	LYS	ARG	ARG	1	D	D	601 - 612	568 - 579
69	18	TYR	TYR	GLU	GLU	1	A	A	614 - 635	581 - 602
70	18	TYR	TYR	GLU	GLU	1	B	B	614 - 635	581 - 602
71	18	TYR	TYR	GLU	GLU	1	C	C	614 - 635	581 - 602
72	18	TYR	TYR	GLU	GLU	1	D	D	614 - 635	581 - 602
73	19	LEU	LEU	SER	SER	1	A	A	34 - 37	1 - 4
74	19	LEU	LEU	SER	SER	1	B	B	34 - 37	1 - 4
75	19	LEU	LEU	SER	SER	1	C	C	34 - 37	1 - 4
76	19	LEU	LEU	SER	SER	1	D	D	34 - 37	1 - 4
77	20	GLU	GLU	LYS	LYS	1	A	A	69 - 72	36 - 39
78	20	GLU	GLU	LYS	LYS	1	B	B	69 - 72	36 - 39
79	20	GLU	GLU	LYS	LYS	1	C	C	69 - 72	36 - 39
80	20	GLU	GLU	LYS	LYS	1	D	D	69 - 72	36 - 39
81	21	ASP	ASP	PRO	PRO	1	A	A	81 - 88	48 - 55
82	21	ASP	ASP	PRO	PRO	1	B	B	81 - 88	48 - 55
83	21	ASP	ASP	PRO	PRO	1	C	C	81 - 88	48 - 55
84	21	ASP	ASP	PRO	PRO	1	D	D	81 - 88	48 - 55
85	22	TYR	TYR	THR	THR	1	A	A	90 - 114	57 - 81
86	22	TYR	TYR	THR	THR	1	B	B	90 - 114	57 - 81
87	22	TYR	TYR	THR	THR	1	C	C	90 - 114	57 - 81
88	22	TYR	TYR	THR	THR	1	D	D	90 - 114	57 - 81
89	23	ALA	ALA	PHE	PHE	1	A	A	120 - 142	87 - 109
90	23	ALA	ALA	PHE	PHE	1	B	B	120 - 142	87 - 109
91	23	ALA	ALA	PHE	PHE	1	C	C	120 - 142	87 - 109
92	23	ALA	ALA	PHE	PHE	1	D	D	120 - 142	87 - 109
93	24	ARG	ARG	SER	SER	1	A	A	246 - 271	213 - 238
94	24	ARG	ARG	SER	SER	1	B	B	246 - 271	213 - 238
95	24	ARG	ARG	SER	SER	1	C	C	246 - 271	213 - 238
96	24	ARG	ARG	SER	SER	1	D	D	246 - 271	213 - 238
97	25	MET	MET	LEU	LEU	1	A	A	273 - 319	240 - 286
98	25	MET	MET	LEU	LEU	1	B	B	273 - 319	240 - 286
99	25	MET	MET	LEU	LEU	1	C	C	273 - 319	240 - 286
100	25	MET	MET	LEU	LEU	1	D	D	273 - 319	240 - 286
101	26	SER	SER	TRP	TRP	1	A	A	383 - 405	350 - 372
102	26	SER	SER	TRP	TRP	1	B	B	383 - 405	350 - 372
103	26	SER	SER	TRP	TRP	1	C	C	383 - 405	350 - 372
104	26	SER	SER	TRP	TRP	1	D	D	383 - 405	350 - 372
105	27	ASP	ASP	LYS	LYS	1	A	A	567 - 579	534 - 546
106	27	ASP	ASP	LYS	LYS	1	B	B	567 - 579	534 - 546
107	27	ASP	ASP	LYS	LYS	1	C	C	567 - 579	534 - 546
108	27	ASP	ASP	LYS	LYS	1	D	D	567 - 579	534 - 546
109	28	LEU	LEU	PRO	PRO	1	A	A	596 - 598	563 - 565
110	28	LEU	LEU	PRO	PRO	1	B	B	596 - 598	563 - 565
111	28	LEU	LEU	PRO	PRO	1	C	C	596 - 598	563 - 565
112	28	LEU	LEU	PRO	PRO	1	D	D	596 - 598	563 - 565
113	29	PHE	PHE	LEU	LEU	1	A	A	208 - 219	175 - 186
114	29	PHE	PHE	LEU	LEU	1	B	B	208 - 219	175 - 186
115	29	PHE	PHE	LEU	LEU	1	C	C	208 - 219	175 - 186
116	29	PHE	PHE	LEU	LEU	1	D	D	208 - 219	175 - 186
117	30	LEU	LEU	LEU	LEU	1	A	A	342 - 381	309 - 348
118	30	LEU	LEU	LEU	LEU	1	B	B	342 - 381	309 - 348
119	30	LEU	LEU	LEU	LEU	1	C	C	342 - 381	309 - 348
120	30	LEU	LEU	LEU	LEU	1	D	D	342 - 381	309 - 348
121	31	CYS	CYS	PRO	PRO	4	A	A	418 - 437	385 - 404
122	31	CYS	CYS	PRO	PRO	4	B	B	418 - 437	385 - 404
123	31	CYS	CYS	PRO	PRO	4	C	C	418 - 437	385 - 404
124	31	CYS	CYS	PRO	PRO	4	D	D	418 - 437	385 - 404
125	32	GLY	GLY	GLY	GLY	4	A	A	561 - 565	528 - 532
126	32	GLY	GLY	GLY	GLY	4	B	B	561 - 565	528 - 532
127	32	GLY	GLY	GLY	GLY	4	C	C	561 - 565	528 - 532
128	32	GLY	GLY	GLY	GLY	4	D	D	561 - 565	528 - 532
129	33	ASP	ASP	SER	SER	1	A	A	582 - 594	549 - 561
130	33	ASP	ASP	SER	SER	1	B	B	582 - 594	549 - 561
131	33	ASP	ASP	SER	SER	1	C	C	582 - 594	549 - 561
132	33	ASP	ASP	SER	SER	1	D	D	582 - 594	549 - 561
133	34	GLU	GLU	GLY	GLY	4	A	A	580 - 581	547 - 548
134	34	GLU	GLU	GLY	GLY	4	B	B	580 - 581	547 - 548
135	34	GLU	GLU	GLY	GLY	4	C	C	580 - 581	547 - 548
136	34	GLU	GLU	GLY	GLY	4	D	D	580 - 581	547 - 548

詳細

biological unit is a monomer

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質

Phosphoenolpyruvate carboxykinase / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-M

分子量: 67391.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: liver mitochondrial isozyme / 由来: (天然)

Gallus gallus (ニワトリ)
参照: UniProt: P21642, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose / octanoyl-sucrose / esterificated at glucose C6

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 468.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: octanoyl-sucrose, esterificated at glucose C6

-
非ポリマー , 4種, 1467分子

#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 16% PEG6000, 0.1M HEPES, n-octanoylsucrose, GDP, MnCl2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月20日 / 詳細: Blue osmic, confocal

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→100 Å / Num. obs: 127447 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.106

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.09-2.18	3	0.581	1	91.9
2.18-2.26	3	0.457	1	92.2
2.26-2.37	2.9	0.384	1	93.3
2.37-2.49	3.1	0.327	1	93.9
2.49-2.65	3.1	0.268	1	95.1
2.65-2.85	3.2	0.192	1	95.8
2.85-3.14	3.3	0.135	1	96.6
3.14-3.59	3.5	0.097	1	97.2
3.59-4.52	3.7	0.066	1	98
4.52-100	3.7	0.045	1	98.8

-
位相決定

Phasing MR	Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 2FAG

2fag
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.09→32.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 11.098 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23366	6402	5 %	RANDOM
R_work	0.18673	-	-	-
obs	0.1891	120981	94.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	-0.18 Å²	-1.16 Å²
2-	-	0.67 Å²	-0.48 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→32.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18901	0	219	1450	20570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	19927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.305	1.975	27190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.264	5	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.062	22.225	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.063	15	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.345	15	210
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	15738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	9807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	13299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.368	1.5	12574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.539	2	19762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.017	3	8492
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.662	4.5	7396
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3488	tight positional	0.06	0.05
2	B	3488	tight positional	0.05	0.05
3	C	3488	tight positional	0.06	0.05
4	D	3488	tight positional	0.05	0.05
1	A	192	medium positional	0.19	0.5
2	B	192	medium positional	0.2	0.5
3	C	192	medium positional	0.2	0.5
4	D	192	medium positional	0.27	0.5
1	A	3488	tight thermal	0.1	0.5
2	B	3488	tight thermal	0.1	0.5
3	C	3488	tight thermal	0.11	0.5
4	D	3488	tight thermal	0.1	0.5
1	A	192	medium thermal	0.61	2
2	B	192	medium thermal	0.58	2
3	C	192	medium thermal	0.62	2
4	D	192	medium thermal	0.55	2

LS精密化シェル

解像度: 2.093→2.147 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	395	-
R_work	0.251	8000	-
obs	-	-	84.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4745	1.3513	0.6526	1.284	0.1205	0.1019	-0.0646	0.1052	-0.6364	-0.0272	-0.0674	-0.4821	0.5988	0.2215	0.132	0.2877	0.127	0.0968	-0.0552	0.0494	0.0356	37.1645	23.0428	4.2375
2	1.4159	-1.1395	-0.0956	4.02	1.1158	0.3542	-0.2137	-0.4267	0.0666	0.502	0.1175	-0.0873	0.2437	0.2102	0.0962	0.225	0.1564	0.0606	0.1313	0.0519	-0.0498	34.5519	36.4047	18.8693
3	0.9811	0.1754	0.3179	0.8854	0.7789	2.1174	-0.04	0.118	0.0737	-0.094	-0.0159	-0.0421	-0.1387	0.105	0.0559	-0.0048	0.0475	0.1109	-0.1064	0.0395	-0.0339	31.9099	44.1012	-5.3345
4	2.7389	-1.8654	-1.2037	2.8414	0.4765	4.4745	-0.0375	-0.1686	-0.4087	0.0697	0.011	0.3716	0.4002	-0.1549	0.0265	0.0869	0.0706	0.1042	-0.1422	0.0608	-0.0599	25.8459	31.5752	7.7911
5	2.3226	0.562	0.9611	3.0613	1.1173	3.6057	0.0794	-0.1038	-0.2128	0.1158	0.0407	-0.0794	0.3026	0.1108	-0.1201	-0.0234	0.1011	0.1055	-0.0848	0.0407	-0.0465	34.6572	36.8963	2.5333
6	4.1075	-0.0896	-0.1726	1.323	-1.8549	4.2871	0.0357	-0.0028	0.0211	0.0273	-0.0169	0.1448	0.3529	-0.0808	-0.0188	0.014	0.0696	0.0975	-0.1078	0.0221	-0.0948	29.0137	39.2385	-0.2931
7	13.8633	6.7578	9.8207	7.5821	7.3232	8.9336	0.0388	0.2775	-0.6409	-0.4309	0.0652	-0.1773	0.604	0.2478	-0.104	0.0433	0.04	0.1208	-0.0936	0.0246	-0.0784	18.2718	33.6282	-8.7746
8	2.2751	-1.1682	-1.4658	1.2082	-0.0541	2.0799	-0.0184	-0.0521	-0.1217	0.1016	-0.0449	0.0949	0.1034	-0.1789	0.0632	-0.0048	0.0158	0.0885	-0.0742	0.0283	-0.0766	4.5699	40.866	3.8865
9	2.673	0.638	1.5537	1.7136	1.4479	1.6461	0.063	-0.4184	0.3047	0.2334	-0.071	0.0169	0.0058	-0.2299	0.008	0.0363	0.0305	0.1064	-0.0069	0.0192	-0.0671	18.3466	51.5278	18.3933
10	6.6999	2.1209	6.759	3.3177	2.775	9.8069	-0.2909	-0.7817	0.9679	0.3969	-0.2227	0.0443	-0.7988	-0.5813	0.5136	0.1299	0.0792	0.0475	0.0219	-0.1088	0.1292	26.5356	61.422	19.5191
11	1.371	-0.4408	0.3969	0.3696	0.4303	1.4802	0.041	-0.0222	0.0804	-0.0064	-0.0172	0.0181	0.0288	-0.0104	-0.0238	0.0077	0.0218	0.0894	-0.1239	0.0101	-0.0573	10.385	47.7371	-2.6775
12	5.6399	0.9142	-0.1824	3.2208	-0.1457	2.5967	0.0722	-0.0634	-0.4291	-0.1654	-0.1161	0.1699	0.3013	0.0861	0.0439	0.0489	0.042	0.0727	-0.105	0.0075	-0.0654	3.7077	37.8024	-13.7072
13	6.6637	5.2363	1.8629	8.1465	0.8015	7.3668	0.3359	-0.2337	0.6335	0.2836	-0.3639	-0.1673	-1.089	0.0139	0.0281	0.1199	0.0332	0.1262	-0.0346	0.0157	0.0176	5.6322	62.7199	0.722
14	1.2649	-0.2664	0.2464	2.6721	-0.2092	3.3262	-0.008	-0.0782	0.1447	-0.0131	-0.0679	0.2954	-0.0677	-0.3399	0.0759	-0.0284	0.0368	0.0978	-0.0535	0.0142	-0.0639	-5.3736	54.0903	-0.1982
15	1.6154	-0.4614	-0.252	1.3706	0.0097	3.4925	0.2012	0.1069	0.3131	-0.085	-0.1532	-0.0436	-0.3301	-0.2034	-0.048	0.0334	0.0138	0.0736	-0.0672	0.0416	0.0088	2.912	58.9488	-13.8269
16	1.4096	-1.6491	0.2603	3.4197	-0.8146	1.4838	-0.315	-0.3566	-0.0217	0.5239	0.2158	-0.3316	0.0424	0.0725	0.0992	0.0976	0.0807	0.0172	0.0469	0.0133	0.0411	15.453	-10.9087	11.8966
17	4.1479	-1.4336	1.0864	3.7862	-1.3298	2.8976	0.263	0.17	0.2492	-0.3956	-0.2185	-0.3209	0.0703	0.3189	-0.0444	0.0112	0.0661	0.1704	-0.0345	0.0369	0.0139	14.8665	-0.5932	-16.5277
18	1.4363	0.0768	-0.8133	2.5033	-1.0937	1.7025	-0.0908	-0.089	-0.1706	-0.0581	0.0631	0.0718	0.089	-0.0063	0.0277	0.0583	0.0627	0.0797	-0.0674	0.0437	-0.025	9.6905	-14.306	4.4972
19	8.0001	-0.7858	-0.4188	4.7541	-2.0774	2.9128	-0.0678	-0.453	-0.206	-0.3932	-0.1651	-0.5646	0.103	0.0851	0.2328	0.0177	0.1556	0.137	-0.0154	0.1175	-0.0402	18.5793	-11.6391	0.7367
20	3.3453	-0.3357	1.3571	4.84	1.3362	7.8334	-0.0258	0.0858	0.0166	0.1395	0.0867	-0.4794	-0.0125	0.3001	-0.0609	-0.0485	0.0647	0.0903	-0.0921	0.0354	-0.0041	17.8989	-4.1741	-2.1085
21	4.6096	-0.3982	0.8236	1.2965	-0.8299	0.6826	-0.0239	-0.2359	-0.2014	-0.0819	0.1296	0.0604	0.1424	-0.0313	-0.1057	0.0213	0.0349	0.1061	-0.0922	0.0559	-0.0527	-0.7062	-4.8724	-3.6921
22	3.5167	-0.9268	1.2707	2.4706	-0.0141	2.2113	-0.2069	-0.8281	-0.3986	0.2484	0.2595	0.3	0.0413	-0.3859	-0.0526	0.0531	0.1024	0.1217	0.0885	0.1211	-0.0062	-12.9357	-0.0854	2.4461
23	1.8001	1.3918	2.2998	5.7145	2.6453	4.0661	-0.2458	-0.6844	-0.1329	0.4016	0.1972	0.2377	-0.1896	-0.648	0.0486	0.0706	0.1536	0.1504	0.1829	0.1167	-0.0584	-6.526	-0.5767	8.0391
24	5.4375	-1.5828	0.2273	6.3397	-0.6826	6.645	-0.4518	-0.9499	0.1865	0.9019	0.4015	-0.3784	-0.8112	-0.369	0.0503	0.3333	0.2037	-0.0522	0.1791	-0.0519	-0.0751	5.6525	5.9096	19.9076
25	5.0447	0.1863	-0.7828	2.4916	-0.799	4.2909	-0.1652	-0.9297	0.7186	1.1173	0.2845	-0.2709	-1.0895	-0.0118	-0.1192	0.5335	0.2127	-0.0687	0.2046	-0.1572	0.0825	7.6786	12.6233	18.3365
26	13.8901	2.174	9.8898	5.0147	1.9554	28.0072	0.4015	-0.0031	-0.9751	0.342	0.5406	0.2419	1.4949	-0.1791	-0.942	0.2013	0.1454	0.1068	0.2826	0.2542	0.2069	-11.0345	-8.3749	10.2387
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精密化 TLSグループ

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26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	430 - 441	397 - 408
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	C	566 - 600	533 - 567
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	C	601 - 622	568 - 589
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	C	623 - 641	590 - 608
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	D	34 - 108	1 - 75
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	D	109 - 159	76 - 126
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	D	160 - 202	127 - 169
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	D	203 - 223	170 - 190
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	D	224 - 253	191 - 220
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	D	254 - 277	221 - 244
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	D	278 - 316	245 - 283
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	D	317 - 350	284 - 317
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	D	351 - 391	318 - 358
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	D	392 - 414	359 - 381
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	D	415 - 441	382 - 408
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	D	442 - 487	409 - 454
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	D	488 - 529	455 - 496
59	X-RAY DIFFRACTION	59	D	D	530 - 598	497 - 565
60	X-RAY DIFFRACTION	60	D	D	599 - 641	566 - 608

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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