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- PDB-2f9a: HMG-CoA synthase from Brassica juncea in complex with F-244 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f9a
タイトルHMG-CoA synthase from Brassica juncea in complex with F-244
要素3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase 1
キーワードTRANSFERASE / HMGS1 / F-244
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / sterol biosynthetic process / acetyl-CoA metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, active site / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, eukaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase active site. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, active site / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, eukaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase active site. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F24 / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica juncea (カラシナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Pojer, F. / Ferrer, J.L. / Richard, S.B. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for the design of potent and species-specific inhibitors of 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthases.
著者: Pojer, F. / Ferrer, J.L. / Richard, S.B. / Nagegowda, D.A. / Chye, M.L. / Bach, T.J. / Noel, J.P.
履歴
登録2005年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年5月23日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3522
ポリマ－50,0261
非ポリマー3261
水4,918273
1
A: 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase 1
ヘテロ分子

A: 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7054
ポリマ－100,0522
非ポリマー6532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area7970 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.170, 61.170, 412.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase 1


分子量: 50025.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / プラスミド: pHis8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9M6U3
#2: 化合物 ChemComp-F24 / (7R,12R,13R)-13-formyl-12,14-dihydroxy-3,5,7-trimethyltetradeca-2,4-dienoic acid / Antibiotic 1233A, Bound Form


分子量: 326.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O5 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17% PEG 20K, 0.25M TMAO, 100mM PIPES, 2mM Dithiothreitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979754 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月14日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979754 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16476 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 19.93
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.89 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 83.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
NEMOデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2F82

2f82


解像度: 2.51→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 19.027 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.069 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23644 839 5.1 %RANDOM
Rwork0.15404 ---
all0.15805 15746 --
obs0.15805 15746 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.06 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3139 0 23 273 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.9754868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9825447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.49924.516155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.15715622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2631513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.21749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8381.52287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44423578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19131497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3944.51290
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.506→2.571 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 56 -
Rwork0.218 872 -
obs--75.63 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.5066 Å / Origin y: 7.0515 Å / Origin z: 18.0639 Å
111213212223313233
T0.0126 Å2-0.0354 Å20.0084 Å2-0.0071 Å2-0.025 Å2---0.0099 Å2
L0.2151 °20.1399 °2-0.1076 °2-0.2902 °20.0354 °2--0.2684 °2
S-0.0395 Å °0.0274 Å °0.0009 Å °-0.0556 Å °0.0448 Å °-0.017 Å °0.0072 Å °-0.0119 Å °-0.0053 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 4511 - 450
2X-RAY DIFFRACTION1AC501 - 773

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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