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- PDB-2f8x: Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8x
タイトルCrystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence
要素
  • 5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3'
  • Mastermind-like protein 1
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
  • Recombining binding protein suppressor of hairless, isoform 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Notch / CSL / Mastermind / Hes-1 / ankyrin repeats / Rel-Homology region / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of generation of precursor metabolites and energy / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / regulation of reproductive process / atrioventricular node cell development / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway ...regulation of generation of precursor metabolites and energy / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / regulation of reproductive process / atrioventricular node cell development / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification / pulmonary valve development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / Defective LFNG causes SCDO3 / dorsal aorta morphogenesis / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / retinal cone cell differentiation / venous endothelial cell differentiation / sebaceous gland development / arterial endothelial cell differentiation / cardiac chamber formation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / endocardium morphogenesis / atrioventricular node development / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / aortic valve development / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of transcription of Notch receptor target / cellular response to tumor cell / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / cardiac left ventricle morphogenesis / mesenchymal cell development / epidermal cell fate specification / coronary vein morphogenesis / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac vascular smooth muscle cell development / pituitary gland development / negative regulation of myotube differentiation / somatic stem cell division / left/right axis specification / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of cell adhesion molecule production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of endothelial cell differentiation / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / atrioventricular canal development / Pre-NOTCH Processing in Golgi / cardiac epithelial to mesenchymal transition / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of catalytic activity / hair follicle maturation / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / calcium-ion regulated exocytosis / pulmonary valve morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #970 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal / Mastermind-like 1-3 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal domain superfamily / : / : / MamL-1 domain / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 2 / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 1 / MamL-1 domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #970 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal / Mastermind-like 1-3 / Neurogenic mastermind-like, N-terminal domain superfamily / : / : / MamL-1 domain / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 2 / Mastermind-like 1/3, transactivation domain 1 / MamL-1 domain / LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / LNR domain / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (many copies) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Trefoil / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Helix non-globular / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Special / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Recombining binding protein suppressor of hairless / Mastermind-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Nam, Y. / Sliz, P. / Blacklow, S.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Structural basis for cooperativity in recruitment of MAML coactivators to Notch transcription complexes.
著者: Nam, Y. / Sliz, P. / Song, L. / Aster, J.C. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2005年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*A)-3'
Y: 5'-D(*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3'
C: Recombining binding protein suppressor of hairless, isoform 4
K: Neurogenic locus notch homolog protein 1
M: Mastermind-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7425
ポリマ－95,7425
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)273.866, 273.866, 121.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*A)-3'


分子量: 5628.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3'


分子量: 5401.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 3種, 3分子 CKM

#3: タンパク質 Recombining binding protein suppressor of hairless, isoform 4


分子量: 49294.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q06330
#4: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / (Notch 1) (hN1) (Translocation-associated notch protein TAN-1)


分子量: 27885.004 Da / 分子数: 1
Fragment: [Contains: Notch 1 extracellular truncation; Notch 1 intracellular domain]
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH1, TAN1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P46531
#5: タンパク質 Mastermind-like protein 1 / Mam-1


分子量: 7532.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAML1, KIAA0200 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q92585

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非ポリマー , 1種, 10分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 50mM HEPES, 6% PEG 3350, and 5% ethylene glycol, pH 7.9, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2PEG 335011
3ethylene glycol11
4H2O11
5HEPES12
6PEG 335012
7ethylene glycol12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→44.82 Å / Num. all: 79964 / Num. obs: 72848 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 3.25→3.45 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 11314 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries: 1TTU and 2F8Y

1ttu

2f8y


解像度: 3.25→44.82 Å / Isotropic thermal model: group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 3688 4.6 %random
Rwork0.222 ---
all0.241 79964 --
obs0.241 72848 91.1 %-
溶媒の処理Bsol: 38.828 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 89.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.481 Å24.194 Å20 Å2
2--12.481 Å20 Å2
3----24.963 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→44.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5497 732 0 10 6239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 590 -
Rwork0.357 --
obs-11904 89.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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