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万見
- PDB-2f8h: Structure of acetylcitrulline deacetylase from Xanthomonas campes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8h
タイトルStructure of acetylcitrulline deacetylase from Xanthomonas campestris in metal-free form
要素aectylcitrulline deacetylase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylornithine deacetylase activity / deacetylase activity / L-arginine biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / cobalt ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-L-citrulline deacetylase ArgE'-like / : / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase ...N-acetyl-L-citrulline deacetylase ArgE'-like / : / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-L-citrulline deacetylase / N-acetyl-L-citrulline deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Shi, D. / Yu, X. / Roth, L. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.
引用ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure of a novel N-acetyl-L-citrulline deacetylase from Xanthomonas campestris
著者: Shi, D. / Yu, X. / Roth, L. / Tuchman, M. / Allewell, N.M.
履歴
登録2005年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aectylcitrulline deacetylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1661
ポリマ－39,1661
非ポリマー00
水6,323351
1
A: aectylcitrulline deacetylase

A: aectylcitrulline deacetylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3322
ポリマ－78,3322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)94.133, 95.226, 43.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, y, -z+1.

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要素

#1: タンパク質 aectylcitrulline deacetylase / E.C.3.5.1.16 / acetylornithine deacetylase


分子量: 39165.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア)
株: ATCC 33913 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4UVI8, UniProt: A0A0H2X6W0*PLUS, acetylornithine deacetylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 12-15% (w/v) PEG 3350, 200 mM magnesium formate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→35.72 Å / Num. all: 37941 / Num. obs: 37941 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3716 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F7V

2f7v


解像度: 1.75→35.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1545547.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1889 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 37941 --
obs0.229 37898 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.1542 Å2 / ksol: 0.370745 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.98 Å20 Å25.07 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---3.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2697 0 0 351 3048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.792.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 317 5.1 %
Rwork0.307 5890 -
obs--96.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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