PDB-2f6q: The crystal structure of human peroxisomal delta3, delta2 enoyl C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f6q

タイトル

The crystal structure of human peroxisomal delta3, delta2 enoyl CoA isomerase (PECI)

要素

Peroxisomal 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase

キーワード

ISOMERASE / enoyl CoA isomerase / peroxisomes / fatty acid metabolism / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid catabolic process / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / peroxisome / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Turnbull, A. / Lukacik, P. / Shafqat, N. / Smee, C. / Berridge, G. / Guo, K. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human peroxisomal delta3, delta2 enoyl CoA isomerase (PECI)
著者: Turnbull, A. / Lukacik, P. / Shafqat, N. / Smee, C. / Berridge, G. / Guo, K. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Gileadi, O. / Oppermann, U.

履歴

登録	2005年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f6q.cif.gz	149.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f6q.ent.gz	123.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f6q_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f6q_full_validation.pdf.gz	469 KB	表示
XML形式データ	2f6q_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	2f6q_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fbm-d 4hc8-2 4u19-d 2q35-1 2gtr-d 3r9s-d 4u18-d 3moy-1 1szo-4 5du8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peroxisomal 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase

B: Peroxisomal 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase

C: Peroxisomal 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase

ヘテロ分子

94.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.931, 123.196, 128.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: PHE / End label comp-ID: ASN / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 109 - 352 / Label seq-ID: 25 - 268

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

詳細

The asymmetric unit contains a biological trimer comprising chains A,B and C

#1: タンパク質	Peroxisomal 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase / Dodecenoyl-CoA isomerase / Delta3 / delta2-enoyl-CoA isomerase / D3 / D2-enoyl-CoA isomerase / DBI- ...Dodecenoyl-CoA isomerase / Delta3 / delta2-enoyl-CoA isomerase / D3 / D2-enoyl-CoA isomerase / DBI-related protein 1 / DRS-1 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 88 分子量: 31351.752 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PECI / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O75521, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20 % isopropanol, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979097 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月18日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979097 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 54609 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 %
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.5 % / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 9.806 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25728	2769	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21293	-	-	-
all	0.21516	51615	-	-
obs	0.21516	51615	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.902 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5572	0	8	133	5713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.96	7767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	3	9396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.868	5	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.566	23.624	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.201	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.162	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.301	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.274	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.07	1.5	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.203	1.5	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.176	2	5960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.181	3	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.193	4.5	1803

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2797 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.36	5
2	B	loose positional	0.39	5
3	C	loose positional	0.41	5
1	A	loose thermal	1.66	10
2	B	loose thermal	1.47	10
3	C	loose thermal	1.43	10

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	218	-
R_work	0.248	3633	-
obs	-	-	97.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3655	-0.1142	0.3581	1.106	-0.001	1.3491	0.0347	-0.0305	-0.1004	-0.0414	-0.0206	0.0159	0.2017	-0.0079	-0.014	-0.0729	0.0036	0.0014	-0.0361	-0.0245	-0.1119	38.3867	64.9746	17.2107
2	0.9657	-0.0905	-0.3848	1.0893	0.2421	2.0626	0.0155	0.0861	0.071	-0.1361	-0.0665	0.1185	-0.1486	-0.1315	0.051	-0.1243	0.0228	-0.0167	-0.0535	-0.0084	-0.0653	26.0499	96.6519	20.7
3	0.731	0.1969	-0.1327	1.909	-0.4169	1.2428	-0.0075	-0.0947	0.0668	0.3256	-0.0372	0.0513	-0.0631	0.0125	0.0448	-0.0605	-0.0155	-0.0103	-0.0108	0.0025	-0.1165	36.5775	78.4933	48.2475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	108 - 149	24 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	150 - 178	66 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	179 - 302	95 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	303 - 352	219 - 268
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	109 - 208	25 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	209 - 292	125 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	293 - 323	209 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	324 - 360	240 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	108 - 137	24 - 53
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	138 - 150	54 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	151 - 357	67 - 273

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