PDB-2f6c: Reaction geometry and thermostability of pyranose 2-oxidase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f6c

タイトル

Reaction geometry and thermostability of pyranose 2-oxidase from the white-rot fungus Peniophora sp., Thermostability mutant E542K

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / covalent / histidine-bound / lignin degradation / thermostability mutation / D2 tetramer / PHBH fold / GMC oxidoreductase / glutathione-reductase related fold

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Peniophora sp. SG (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Bannwarth, M. / Heckmann-Pohl, D.M. / Bastian, S. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Reaction Geometry and Thermostable Variant of Pyranose 2-Oxidase from the White-Rot Fungus Peniophora sp.
著者: Bannwarth, M. / Heckmann-Pohl, D. / Bastian, S. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2005年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f6c.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f6c.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f6c_validation.pdf.gz	707.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f6c_full_validation.pdf.gz	709.7 KB	表示
XML形式データ	2f6c_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	2f6c_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f5vC 1tzl C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mol-d 3pl8-1 4mog-1 3bg7-1 4moo-1 3lsk-d 3k4c-d 4mop-d 4mor-d 4moh-1 4mof-1 3k4l-1 4moi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

67.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
270 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.931, 101.931, 118.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2203- HOH

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y-1, -x-1, -z-1 ; -x-1, -y-1. z and y, x, -z-1

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / P2Ox / Pyranose oxidase / PROD / POD / POx / Pyranose:oxygen 2-oxidoreductase / Glucose 2-oxidase / ...P2Ox / Pyranose oxidase / PROD / POD / POx / Pyranose:oxygen 2-oxidoreductase / Glucose 2-oxidase / FAD-oxidoreductase 分子量: 66512.680 Da / 分子数: 1 / 変異: E542K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Peniophora sp. SG (菌類) / 遺伝子: p2ox, poxSG / プラスミド: pET-24a-(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8J136, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES/NaOH, pH=6.0, 19% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8123 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月14日
放射	モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→77 Å / Num. all: 54760 / Num. obs: 54750 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.84→1.88 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
APRV		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.84→76.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 5.188 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1864	2738	5 %	RANDOM
R_work	0.15	-	-	-
obs	0.15184	52011	100 %	-
all	-	54750	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→76.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4549	0	73	595	5217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.965	6449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.876	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.57	24.464	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.822	15	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.262	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.622	1.5	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.027	2	4689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.763	3	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.797	4.5	1760

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	201	-
R_work	0.172	3813	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3108	0.2421	0.3249	1.3461	0.5291	1.5396	0.0898	-0.1214	-0.0063	0.1451	-0.066	-0.0029	0.044	-0.0305	-0.0238	-0.0258	-0.0097	0.0129	-0.0277	-0.0062	0.123	-2.354	17.646	42.502
2	0.4318	-0.3986	0.2155	1.0832	-0.0484	0.1393	0.0428	0.0763	-0.0536	-0.0601	-0.0029	-0.0551	0.0745	0.0136	-0.0399	-0.0093	-0.0075	0.0124	-0.0233	0.0041	0.1446	4.737	2.834	25.372
3	0.444	0.8416	0.5498	1.5954	1.0421	0.6807	0.0155	-0.0397	0.0113	-0.1889	-0.0696	0.0479	-0.0441	-0.0361	0.0541	0.0389	-0.0016	-0.0141	0.0027	-0.0073	0.1616	-17.391	10.533	5.209
4	0.4799	-0.0789	0.1047	0.022	0.0416	0.4062	-0.0244	-0.0008	0.0453	-0.0205	0.0151	0.0105	-0.0624	0.0311	0.0094	-0.0262	0.0031	0.0008	-0.0327	-0.0114	0.1051	7.24	19.21	25.242
5	1.6115	-0.4792	-0.1903	2.1345	0.6626	1.2966	-0.0065	-0.0573	0.1724	0.1145	0.038	-0.059	-0.0768	0.1219	-0.0315	-0.0325	-0.0157	-0.0135	-0.0093	-0.0166	0.1086	17.218	26.902	32.766
6	2.1216	0.704	-0.8637	3.2646	-0.3783	1.891	-0.051	0.0714	-0.0361	-0.0534	-0.0112	-0.3909	0.0798	0.0942	0.0623	-0.067	0.0044	-0.028	-0.0026	-0.04	0.1425	28.586	14.938	15.465
7	1.6036	0.1603	-0.7096	0.5627	0.4845	0.926	-0.0651	-0.1413	-0.171	0.1355	0.0676	-0.0752	0.1372	0.1496	-0.0025	-0.001	0.023	-0.0105	-0.0266	-0.0046	0.1286	13.933	7.798	34.551
8	3.863	1.019	3.0103	3.4923	2.8971	5.3433	0.0771	-0.2354	-0.15	0.4308	0.0779	-0.1964	0.2806	0.2568	-0.155	0.0403	-0.007	0.0113	0.0181	0.0136	0.1123	0.029	12.345	50.021
9	0.6937	-0.5885	-0.6264	1.8508	0.4979	1.0748	-0.0628	-0.1012	-0.0213	0.1204	0.0396	0.3446	0.0006	-0.0028	0.0233	-0.0227	0.0025	0.0318	-0.0194	-0.0097	0.1663	-14.289	23.105	39.519
10	1.4888	-0.0764	-0.6689	2.5275	1.2418	2.0616	0.0354	0.1128	0.2528	-0.1516	-0.0653	0.2487	-0.2969	-0.2447	0.03	-0.0119	0.0244	-0.0145	-0.0195	-0.0009	0.1834	-13.027	31.138	24.336
11	0.817	-0.5352	-0.6517	0.9756	0.7233	0.6604	-0.0527	0.0479	0.0028	0.0738	-0.0203	0.0306	0.0366	-0.0176	0.073	-0.0254	0.0044	-0.0122	-0.053	0.0021	0.0817	9.013	18.314	12.36
12	2.1244	-1.6685	0.6447	5.6638	0.5294	0.8017	-0.0227	0.0165	0.1192	0.2902	0.0651	-0.5263	0.0938	0.0401	-0.0424	-0.0142	0.0285	-0.0376	-0.0332	0.0121	0.1492	36.987	-4.577	14.341
13	1.2808	-1.2632	0.3664	4.3755	-0.3459	1.0185	-0.034	0.0028	-0.0637	0.0719	0.0499	0.1194	-0.017	-0.0136	-0.0158	-0.0429	-0.0034	0.0089	-0.0243	-0.0008	0.096	18.107	16.16	16.593
14	2.1868	-3.4859	-0.5076	6.8345	1.2678	0.3919	-0.0078	-0.0254	-0.2544	0.0844	-0.0291	0.4766	0.0395	0.0078	0.037	-0.0374	-0.0038	0.0038	-0.0527	0.0084	0.1234	13.438	10.237	11.854
15	1.7435	0.434	-0.5738	1.3684	-0.2633	0.8649	0.0776	0.1255	0.1279	0.0193	0.0025	0.1826	-0.0691	-0.1315	-0.0801	-0.0317	0.0079	-0.0161	-0.0302	-0.0011	0.1325	-10.85	24.238	17.197
16	1.4718	-1.3222	-0.6083	1.2916	0.7462	0.6714	0.0174	0.048	0.028	-0.0069	-0.0531	-0.0081	0.0151	-0.0481	0.0357	-0.0282	-0.0009	-0.0075	-0.0339	0.0044	0.0896	13.923	17.849	5.417
17	0.8824	0.0446	-0.2798	0.6929	0.787	1.4872	0.0202	-0.022	0.1608	-0.0151	0.0058	0.0143	-0.136	-0.0044	-0.026	-0.0293	0.0011	0.0039	-0.0497	-0.0145	0.1485	-0.035	33.573	27.332
18	0.6886	-0.0411	-0.4209	0.6673	0.3147	1.1679	0.0192	-0.0821	0.0183	0.1145	-0.0442	0.047	-0.0139	0.0118	0.025	-0.0176	-0.0084	0.0049	-0.0417	-0.0226	0.1126	3.068	28.398	37.71
19	6.5394	0.4004	-2.7026	1.8916	1.4824	2.8005	0.0086	-0.0763	-0.052	-0.0345	-0.0208	0.0918	-0.0234	0.0935	0.0122	-0.0381	0.0043	-0.0034	-0.059	0.0092	0.0936	1.211	15.837	27.906
20	0.225	-0.0286	-0.0622	0.2108	0.0498	0.1845	0.0127	-0.0135	0.0123	0.034	-0.0186	-0.0168	0.0158	-0.0021	0.0058	-0.0209	-0.0076	-0.0037	-0.0292	-0.0038	0.1375	7.286	16.009	22.769

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	43 - 83	15 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	84 - 116	56 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	117 - 152	89 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	153 - 181	125 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	182 - 214	154 - 186
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	215 - 239	187 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	240 - 263	212 - 235
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	264 - 280	236 - 252
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	281 - 320	253 - 292
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	321 - 352	293 - 324
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	353 - 369	325 - 341
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	370 - 429	342 - 401
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	430 - 455	402 - 427
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	456 - 480	428 - 452
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	481 - 509	453 - 481
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	510 - 543	482 - 515
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	544 - 574	516 - 546
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	575 - 619	547 - 591
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	B	1625
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	E	1628 - 2222

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)