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- PDB-2f5y: Crystal Structure of the PDZ Domain from Human RGS-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f5y
タイトルCrystal Structure of the PDZ Domain from Human RGS-3
要素regulator of G-protein signalling 3 isoform 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ Domain / RGS-3 / Human / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein signalling 3, RGS domain / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain ...Regulator of G-protein signalling 3, RGS domain / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of G-protein signaling 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Berridge, G. / Johansson, C. / Smee, C. / Savitsky, P. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Yang, X. / Elkins, J. / Doyle, D. ...Ugochukwu, E. / Berridge, G. / Johansson, C. / Smee, C. / Savitsky, P. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Yang, X. / Elkins, J. / Doyle, D. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Debreczeni, J. / Bunkoczi, G. / Gorrec, F. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the PDZ Domain from Human RGS-3
著者: Ugochukwu, E. / Berridge, G. / Johansson, C. / Smee, C. / Savitsky, P. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Yang, X. / Elkins, J. / Doyle, D. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Debreczeni, J. / ...著者: Ugochukwu, E. / Berridge, G. / Johansson, C. / Smee, C. / Savitsky, P. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Yang, X. / Elkins, J. / Doyle, D. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Debreczeni, J. / Bunkoczi, G. / Gorrec, F. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A.
履歴
登録2005年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: regulator of G-protein signalling 3 isoform 1
B: regulator of G-protein signalling 3 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6724
ポリマ－20,4802
非ポリマー1922
水75742
1
A: regulator of G-protein signalling 3 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4323
ポリマ－10,2401
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: regulator of G-protein signalling 3 isoform 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2401
ポリマ－10,2401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.110, 44.140, 49.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 14 - 95 / Label seq-ID: 2 - 83

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 regulator of G-protein signalling 3 isoform 1


分子量: 10239.818 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ Domain (residues 15-103) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 (DE3) / 遺伝子: RGS3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49796
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulphate, 0.1M MES, 10% dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→49.86 Å / Num. obs: 8381 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I92.pdb, 1QAU.pdb

1i92

1qau


解像度: 2.39→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 15.045 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26429 386 4.6 %RANDOM
Rwork0.21481 ---
all0.21698 7967 --
obs0.21698 7967 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å20 Å20 Å2
2--4.63 Å20 Å2
3----2.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1267 0 10 42 1319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221310
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9681779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5243.0042223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.5735164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2921.96456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59815223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6631516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2030.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2763
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1223856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0583331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.15251327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8077523
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.9911451
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1042 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.550.5
medium thermal0.832
LS精密化 シェル解像度: 2.394→2.456 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 31 -
Rwork0.244 559 -
obs--97.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34080.83941.0525.41782.00346.54060.16-0.1435-0.00450.1205-0.2332-0.02150.10480.0070.0732-0.2384-0.0032-0.0152-0.17880.017-0.198311.5012-4.6324-21.7192
24.5605-1.20580.33626.65321.58616.0421-0.02240.3398-0.0193-0.3723-0.12320.6764-0.0952-0.28810.1456-0.1728-0.0071-0.0487-0.1803-0.011-0.128911.1807-16.5929-43.8321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA14 - 952 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2BB14 - 952 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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