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- PDB-2f59: Lumazine synthase RibH1 from Brucella abortus (Gene BruAb1_0785, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f59
タイトルLumazine synthase RibH1 from Brucella abortus (Gene BruAb1_0785, Swiss-Prot entry Q57DY1) complexed with inhibitor 5-Nitro-6-(D-Ribitylamino)-2,4(1H,3H) Pyrimidinedione
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
キーワードTRANSFERASE / Enzyme-substrate analogue / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-INI / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Klinke, S. / Zylberman, V. / Bonomi, H.R. / Haase, I. / Guimaraes, B.G. / Braden, B.C. / Bacher, A. / Fischer, M. / Goldbaum, F.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural and Kinetic Properties of Lumazine Synthase Isoenzymes in the Order Rhizobiales
著者: Klinke, S. / Zylberman, V. / Bonomi, H.R. / Haase, I. / Guimaraes, B.G. / Braden, B.C. / Bacher, A. / Fischer, M. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2005年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年1月16日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,81016
ポリマ－84,0395
非ポリマー1,77211
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12760 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA, PQS
2
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
ヘテロ分子

A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,62132
ポリマ－168,07710
非ポリマー3,54322
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_644y+1,x-1,-z-11
Buried area27660 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area48310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.317, 95.317, 171.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

CA

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要素

#1: タンパク質
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 1 / DMRL synthase 1 / Lumazine synthase 1 / Riboflavin synthase 1 beta chain


分子量: 16807.744 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 遺伝子: ribH1, ribH, ribH-1 / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q57DY1, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-INI / 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE


分子量: 306.229 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 292 K / pH: 6.6
詳細: 18% PEG 400, 0.1M MES, 0.2M calcium chloride, pH 6.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.438
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月4日
放射モノクロメーター: SI SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.438 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.5 Å / Num. obs: 40642 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10.49
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RVV, STARTING RESIDUE 49

1rvv


解像度: 2.3→33.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2011 -RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 40562 99.2 %-
all-40874 --
原子変位パラメータBiso mean: 34.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5463 0 111 219 5793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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