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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f56 | ||||||
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タイトル | Barnase cross-linked with glutaraldehyde soaked in 6M urea | ||||||
![]() | Ribonuclease | ||||||
![]() | HYDROLASE / DENATURATION / LYSOZYME / BARNASE / CROSS-LINKED CRYSTALS / GLUTARALDEHYDE / UREA / THIOUREA / BROMOETHANOL | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prange, T. / Salem, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: On the edge of the denaturation process: Application of X-ray diffraction to barnase and lysozyme cross-linked crystals with denaturants in molar concentrations. 著者: Salem, M. / Mauguen, Y. / Prange, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12199.515 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PMJ1002 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-URE / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: AMMONIUM SULFATE, HEPES BUFFER. PROTEIN 20 MG/ML, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月25日 / 詳細: CURVATED MULTILAYER MIRROR |
放射 | モノクロメーター: CURVATED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.964 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.955→10 Å / Num. all: 23026 / Num. obs: 21767 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.955→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2F4Y 解像度: 1.955→10 Å / Num. parameters: 11467 / Num. restraintsaints: 10750 / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2442 / Occupancy sum non hydrogen: 2840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.955→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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