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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f4y | ||||||
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タイトル | Barnase cross-linked with glutaraldehyde | ||||||
要素 | Ribonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / DENATURATION / LYSOZYME / BARNASE / CROSS-LINKED CRYSTALS / GLUTARALDEHYDE / UREA / THIOUREA / BROMOETHANOL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Prange, T. / Salem, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006 タイトル: On the edge of the denaturation process: Application of X-ray diffraction to barnase and lysozyme cross-linked crystals with denaturants in molar concentrations. 著者: Salem, M. / Mauguen, Y. / Prange, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f4y.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f4y.ent.gz | 61.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/2f4y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12199.515 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) プラスミド: PMJ1002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: AMMONIUM SULFATE, ZINC CHLORIDE, HEPES BUFFER PROTEIN AT 20MG/ML, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.964 / 波長: 0.964 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月25日 / 詳細: CURVATED MULTILAYER MIRROR |
放射 | モノクロメーター: CURVATED SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.964 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→9 Å / Num. all: 16157 / Num. obs: 14863 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1A2P 解像度: 2.15→9 Å / Num. parameters: 11548 / Num. restraintsaints: 10675 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2438 / Occupancy sum non hydrogen: 2862 | |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→9 Å
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拘束条件 |
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