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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f37 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ankyrin repeat domain of human TRPV2 | ||||||
![]() | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / ankyrin repeat | ||||||
機能・相同性 | ![]() monoatomic ion transmembrane transporter activity / growth cone membrane / sensory perception / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity ...monoatomic ion transmembrane transporter activity / growth cone membrane / sensory perception / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / plasma membrane => GO:0005886 / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / melanosome / monoatomic ion channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / response to heat / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McCleverty, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the human TRPV2 channel ankyrin repeat domain. 著者: McCleverty, C.J. / Koesema, E. / Patapoutian, A. / Lesley, S.A. / Kreusch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27911.254 Da / 分子数: 2 / 断片: ankyrin repeat domain (residues 69-319) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 1.5 M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 83694 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.038 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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