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万見
- PDB-2f2q: High resolution crystal structure of T4 lysozyme mutant L20R63/A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f2q
タイトルHigh resolution crystal structure of T4 lysozyme mutant L20R63/A liganded to guanidinium ion
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / MOLECULAR SWITCH / T4 LYSOZYME / NANO-BITECHNOLOGY / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Yousef, M.S. / Bischoff, N. / Dyer, C.M. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Guanidinium derivatives bind preferentially and trigger long-distance conformational changes in an engineered T4 lysozyme.
著者: Yousef, M.S. / Bischoff, N. / Dyer, C.M. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme
著者: Yousef, M.S. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structural characterization of an engineered tandem repeat contrasts the importance of context and sequence in protein folding
著者: Sagermann, M. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication
著者: Sagermann, M. / Gay, L. / Matthews, B.W.
履歴
登録2005年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年12月19日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.52020年9月2日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details ..._struct.title / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9344
ポリマ－19,6861
非ポリマー2493
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.712, 60.712, 95.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 19685.541 Da / 分子数: 1 / 変異: I39L, A63R, T65C, A108C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: pHS1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 cells / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#4: 化合物 ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: 0.5 mM protein, 1.8 M MIXED POTASSIUM AND SODIUM PHOSPHATE, 0.2 M GUANIDINIUM CHLORIDE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.953
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月26日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 36743 / % possible obs: 90 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZODENZOデータ削減
SCALEPACKDENZOデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T8A

1t8a


解像度: 1.45→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1714737.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1618 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 32322 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.1 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å21.22 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1414 0 13 181 1608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.542.5
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 250 4.9 %
Rwork0.227 4809 -
obs--84.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GAI.PARAMGAI.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMBME_OX.TOP
X-RAY DIFFRACTION5BME_OX.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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