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- PDB-2f1t: Outer membrane protein OmpW -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f1t
タイトルOuter membrane protein OmpW
要素Outer membrane protein W
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein, OmpW / OmpW family / Porin - #20 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein W
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者van den Berg, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The outer membrane protein OmpW forms an eight-stranded beta-barrel with a hydrophobic channel.
著者: Hong, H. / Patel, D.R. / Tamm, L.K. / van den Berg, B.
履歴
登録2005年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein W
B: Outer membrane protein W
C: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,51617
ポリマ－65,1003
非ポリマー3,41614
水00
1
A: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5548
ポリマ－21,7001
非ポリマー1,8547
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6345
ポリマ－21,7001
非ポリマー9344
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Outer membrane protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3284
ポリマ－21,7001
非ポリマー6283
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.158, 82.158, 186.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein W


分子量: 21700.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: ompW / プラスミド: pB22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: P0A915
#2: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 28-32% PEG400, 0.2 M CaCl2, 50 mM glycine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A11.1
シンクロトロンNSLS X6A21.38
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日 / 詳細: Si(111) channel cut monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) channel cut monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) channel cut monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.381
反射解像度: 2.45→46.8 Å / Num. all: 14337 / Num. obs: 14157 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2678 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: none

解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 733 -random
Rwork0.274 ---
all0.276 14337 --
obs0.276 14157 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.48 Å213.26 Å20 Å2
2--24.48 Å20 Å2
3----48.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 0 234 0 4518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.94
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.043
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 94 -
Rwork0.363 --
obs-1754 98.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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