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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f1t | ||||||
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タイトル | Outer membrane protein OmpW | ||||||
![]() | Outer membrane protein W | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The outer membrane protein OmpW forms an eight-stranded beta-barrel with a hydrophobic channel. 著者: Hong, H. / Patel, D.R. / Tamm, L.K. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21700.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 28-32% PEG400, 0.2 M CaCl2, 50 mM glycine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日 / 詳細: Si(111) channel cut monochromator | ||||||||||||||||||
放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.45→46.8 Å / Num. all: 14337 / Num. obs: 14157 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 38.4 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2678 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: none 解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 71.39 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.043
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