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- PDB-2f1o: Crystal Structure of NQO1 with Dicoumarol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f1o
タイトルCrystal Structure of NQO1 with Dicoumarol
要素NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Protein inhibitor / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / vitamin K metabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) ...ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / vitamin K metabolic process / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of ferroptosis / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / protein polyubiquitination / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / innate immune response / synapse / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BISHYDROXY[2H-1-BENZOPYRAN-2-ONE,1,2-BENZOPYRONE] / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Shaul, Y. / Asher, G. / Dym, O. / Tsvetkov, P. / Adler, J. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of NAD(P)H quinone oxidoreductase 1 in complex with its potent inhibitor dicoumarol.
著者: Asher, G. / Dym, O. / Tsvetkov, P. / Adler, J. / Shaul, Y.
履歴
登録2005年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月19日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,18624
ポリマ－246,2118
非ポリマー8,97516
水2,198122
1
A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7976
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
2
B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7976
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
3
E: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
F: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7976
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
4
G: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
H: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7976
ポリマ－61,5532
非ポリマー2,2444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.244, 86.187, 100.562
Angle α, β, γ (deg.)91.14, 107.91, 93.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a dimer which is in the asymmetric unit cell

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要素

#1: タンパク質
NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Quinone reductase 1 / NADP / H:quinone oxidoreductase 1 / QR1 / DT-diaphorase / DTD / Azoreductase ...Quinone reductase 1 / NADP / H:quinone oxidoreductase 1 / QR1 / DT-diaphorase / DTD / Azoreductase / Phylloquinone reductase / Menadione reductase


分子量: 30776.412 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO1, DIA4, NMOR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物
ChemComp-DTC / BISHYDROXY[2H-1-BENZOPYRAN-2-ONE,1,2-BENZOPYRONE] / DICOUMAROL


分子量: 336.295 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12O6 / コメント: 抗凝固剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.1
詳細: 0.1M NaAcetate, 50mM NaTricine, 11% PEG 3350, 5mM Dicoumarol , pH 8.1, Microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 63333 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DXO

1dxo


解像度: 2.75→38.66 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.282 5270 RANDOM
Rwork0.219 --
obs0.219 52174 -
all-55327 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17400 0 624 122 18146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.43 115
Rwork0.35 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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