PDB-2f1l: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE 16S RIBOSOMAL RNA PROCESSING PROT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f1l

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE 16S RIBOSOMAL RNA PROCESSING PROTEIN RIMM (PA3744) FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA AT 2.46 A RESOLUTION

要素

16S rRNA processing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / 16S RRNA PROCESSING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

maturation of SSU-rRNA / ribosome binding / ribosome / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 16S rRNA processing protein from Pseudomonas aeruginosa at 2.46 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f1l.cif.gz	50.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f1l.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f1l_validation.pdf.gz	437 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f1l_full_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示
XML形式データ	2f1l_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	2f1l_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1sc5-d 1fcq-d 5eom-4 1rp3-2 5ljn-d 6yxs-d 4g5q-4 3loi-1 6fwz-d 2or0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 357814

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (2) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 16S rRNA processing protein

ヘテロ分子

21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 16S rRNA processing protein

ヘテロ分子

A: 16S rRNA processing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.228, 80.228, 71.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	16S rRNA processing protein 分子量: 21463.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: 9949912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 9949912, UniProt: Q9HXQ0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.68 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 4.6 詳細: 30.0% Glycerol, 5.6% PEG-4000, 0.1M Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97932, 0.91162, 0.97915

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月4日

放射

モノクロメーター: Double crystal monocromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97932	1
2	0.91162	1
3	0.97915	1

反射

解像度: 2.4→26.76 Å / Num. obs: 9930 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	% possible all
2.46-2.52	4.6	0.752	1	631	0.752	88.4
2.52-2.59	5.2	0.574	1.3	690	0.574	97.4
2.59-2.67	5.6	0.422	1.5	703	0.422	100
2.67-2.75	5.6	0.312	2.4	665	0.312	100
2.75-2.84	5.5	0.244	3.1	660	0.244	100
2.84-2.94	5.5	0.211	3.5	622	0.211	100
2.94-3.05	5.6	0.166	4.4	613	0.166	100
3.05-3.18	5.6	0.118	6.1	589	0.118	100
3.18-3.32	5.5	0.099	6.8	569	0.099	100
3.32-3.48	5.5	0.088	7.4	557	0.088	100
3.48-3.67	5.5	0.069	9.2	506	0.069	100
3.67-3.89	5.5	0.067	9.4	483	0.067	100
3.89-4.16	5.5	0.056	9.2	472	0.056	100
4.16-4.49	5.4	0.058	10.7	443	0.058	100
4.49-4.92	5.4	0.055	10.9	393	0.055	100
4.92-5.5	5.3	0.062	10	369	0.062	100
5.5-6.35	5.1	0.071	8.5	329	0.071	100
6.35-7.78	5	0.068	8.2	281	0.068	100
7.78-11	4.6	0.054	10.9	226	0.054	100
11-26.76	4.1	0.061	8	129	0.061	94.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.46→26.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 13.807 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.229
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THE ELECTRON DENSITY BETWEEN RESIDUE 95 AND RESIDUE 101 IS DISORDERED AND NO MODEL WAS BUILT. 3. THE UNIDEFINED ELECTRON DENISTY NEAR ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	476	4.8 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.17732	9433	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.06 Å²	1.53 Å²	0 Å²
2-	-	3.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→26.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1283	0	37	44	1364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.702	1.983	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.838	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.487	23.906	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.184	15	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.484	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	274
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.21	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.4	3	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.501	3	347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.964	5	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.2	8	579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.835	11	508

LS精密化シェル

解像度: 2.46→2.524 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	32	-
R_work	0.334	595	-
obs	-	-	86.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0589	-1.9162	-0.6824	3.8467	2.4374	5.0595	-0.1238	-0.0641	-0.4407	0.1912	-0.1506	0.5393	0.2583	-0.5721	0.2744	0.1506	-0.0603	0.019	0.2221	-0.0082	0.1534	0.0498	37.8744	8.4637
2	3.9162	-2.0461	1.3738	4.6786	-1.5565	4.4096	0.2358	0.3645	-0.1245	-0.571	-0.2555	-0.0371	0.0938	-0.0484	0.0196	0.2169	0.0035	-0.008	0.1822	-0.0336	0.0597	14.9422	31.5484	-12.9114

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	7 - 95	19 - 107
2	2	101 - 175	113 - 187

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