PDB-2eyc: DMSO refined solution structure of crambin in dpc micelles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eyc

タイトル

DMSO refined solution structure of crambin in dpc micelles

要素

CRAMBIN

キーワード

PLANT PROTEIN / CRAMBIN / DPC / MICELLES

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Ahn, H.C. / Markley, J.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Three-dimensional structure of the water-insoluble protein crambin in dodecylphosphocholine micelles and its minimal solvent-exposed surface.
著者: Ahn, H.C. / Juranic, N. / Macura, S. / Markley, J.L.

履歴

登録	2005年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eyc.cif.gz	253.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eyc.ent.gz	210.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eyc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2eyc_validation.pdf.gz	334.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2eyc_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	2eyc_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	2eyc_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/2eyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/2eyc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yv8C 1yvaC 2eyaC 2eybC 2eydC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eyd-d 2eya-d 1p00-d 6txb-2 1orl-d 1fjn-d 378d-1 6bam-d 2da8-d 217d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6455

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CRAMBIN

4.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	DMSO REFINED STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	CRAMBIN 分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物) 生物種: Crambe hispanica / 株: subsp. abyssinica / 遺伝子: THI2 / プラスミド: PET3A-SN_CRAMBIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P01542
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-SEPARATED NOESY
1	2	1	3D 15N-SEPARATED NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 MM CRAMBIN U-15N,13C, PH 6.0, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 300MM DPC, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 300MM DPC, 90% H2O, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	2
Bruker DRX	Bruker	DRX	750	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XPLOR-NIH	2.9.3	SCHWIETERS	精密化
XPLOR-NIH	2.9.3		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: DMSO REFINED STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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