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- PDB-2exv: Crystal structure of the F7A mutant of the cytochrome c551 from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2exv
タイトルCrystal structure of the F7A mutant of the cytochrome c551 from Pseudomonas aeruginosa
要素Cytochrome c-551
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c / alpha helix / heme c
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class ID / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / HEME C / Cytochrome c-551
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Bonivento, D. / Di Matteo, A. / Borgia, A. / Travaglini-Allocatelli, C. / Brunori, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Unveiling a Hidden Folding Intermediate in c-Type Cytochromes by Protein Engineering
著者: Borgia, A. / Bonivento, D. / Travaglini-Allocatelli, C. / Di Matteo, A. / Brunori, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Structure of cytochrome c551 from Pseudomonas aeruginosa refined at 1.6 A resolution and comparison of the two redox forms.
著者: Matsuura, Y. / Takano, T. / Dickerson, R.E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Selected mutations in a mesophilic cytochrome c confer the stability of a thermophilic counterpart.
著者: Hasegawa, J. / Uchiyama, S. / Tanimoto, Y. / Mizutani, M. / Kobayashi, Y. / Sambongi, Y. / Igarashi, Y.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: An obligatory intermediate in the folding pathway of cytochrome c552 from Hydrogenobacter thermophilus.
著者: Travaglini-Allocatelli, C. / Gianni, S. / Dubey, V.K. / Borgia, A. / Di Matteo, A. / Bonivento, D. / Bren, K.L. / Brunori, M.
履歴
登録2005年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-551
C: Cytochrome c-551
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6156
ポリマ－17,2582
非ポリマー1,3574
水2,306128
1
A: Cytochrome c-551
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3073
ポリマ－8,6291
非ポリマー6792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cytochrome c-551
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3073
ポリマ－8,6291
非ポリマー6792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.766, 66.766, 62.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c-551 / Cytochrome c551 / Cytochrome C8


分子量: 8628.796 Da / 分子数: 2 / 変異: F7A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: nirM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00099
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 26-30% PEG 4K, zinc acetate 0.2 M, sodium acetate 0.1 M, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 13460 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.335 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23291 660 4.9 %RANDOM
Rwork0.17541 ---
all0.17818 12692 --
obs0.17818 12692 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1199 0 94 128 1421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5342.1651915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.625170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.98626.66751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.6915208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.809153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7931.5849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20521322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8673648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7034.5584
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 47 -
Rwork0.235 935 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.27790.18621.57843.82831.48154.8824-0.0907-0.1191-0.05280.3047-0.11660.23970.1493-0.03660.2073-0.2754-0.05970.0347-0.2323-0.0665-0.2556-15.94816.6840.599
221.7970.752713.94896.2894.145311.06960.123-0.0836-0.2570.38430.0221-0.31770.10220.3682-0.1452-0.2293-0.07410.0192-0.1337-0.0518-0.1819-11.78318.283-2.303
37.9926-0.22861.90162.8113-2.53018.95120.2522-0.0947-0.2093-0.2346-0.2602-0.27620.46230.09450.008-0.2854-0.0194-0.0105-0.12090.0709-0.19491.08823.759-19.337
47.67353.882211.06146.77145.956715.97210.4708-0.7996-0.4678-0.2204-0.2435-0.17640.7351-0.6252-0.2272-0.2321-0.0758-0.0455-0.01870.1223-0.1735-3.11821.622-16.735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 821 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2AC83
3X-RAY DIFFRACTION3CB2 - 822 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4CD83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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