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万見
- PDB-2ewc: Structure of hypothetical protein from Streptococcus pyogenes M1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewc
タイトルStructure of hypothetical protein from Streptococcus pyogenes M1 GAS, member of highly conserved yjgF family of proteins
要素conserved hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / yjgF proteins family / conserved hypothetical protein / COG0251 / Putative translation initiation inhibitor / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Translation initiation inhibitor
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Nocek, B. / Li, H. / Clancy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of hypothetical protein from Streptococcus pyogenes M1 GAS, member of highly conserved yjgF family of proteins
著者: Nocek, B. / Li, H. / Clancy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein
D: conserved hypothetical protein
E: conserved hypothetical protein
F: conserved hypothetical protein
G: conserved hypothetical protein
H: conserved hypothetical protein
I: conserved hypothetical protein
J: conserved hypothetical protein
K: conserved hypothetical protein
L: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,91817
ポリマ－176,45712
非ポリマー4605
水19,0601058
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein
G: conserved hypothetical protein
K: conserved hypothetical protein
L: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5059
ポリマ－88,2296
非ポリマー2763
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16830 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA, PQS
3
D: conserved hypothetical protein
E: conserved hypothetical protein
F: conserved hypothetical protein
H: conserved hypothetical protein
I: conserved hypothetical protein
J: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4138
ポリマ－88,2296
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16730 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA, PQS
4
A: conserved hypothetical protein
B: conserved hypothetical protein
C: conserved hypothetical protein
ヘテロ分子

D: conserved hypothetical protein
E: conserved hypothetical protein
F: conserved hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4138
ポリマ－88,2296
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area14400 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area27340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.120, 131.994, 135.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
conserved hypothetical protein


分子量: 14704.770 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: M1 GAS / 遺伝子: gi|13623057 / プラスミド: peT15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99XS4
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1058 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Peg 4k, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 102417 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARPモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.896 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20439 5061 5 %RANDOM
Rwork0.16217 ---
obs0.1643 95976 98.62 %-
all-101037 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.625 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11596 0 30 1058 12684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02112050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4151.93516267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.33551468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.0523.557672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.396152019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1515111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.25633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.28161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.57425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.509211559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56935222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0664.54708
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 321 -
Rwork0.18 5796 -
obs--81.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81190.2549-0.41221.2379-0.57031.27580.0086-0.1338-0.0260.15-0.1079-0.3153-0.07330.18690.0992-0.07930.0022-0.0306-0.03920.04760.0202-66.99717.5903-24.1272
21.00580.5369-0.63430.9497-0.34411.1055-0.14430.0902-0.2011-0.4340.056-0.19360.24740.05640.08830.079-0.0110.0648-0.072-0.0194-0.0484-75.1674-1.1872-41.8045
30.76650.7672-0.4222.4625-0.90890.84620.00350.11880.1651-0.18610.10440.2261-0.062-0.1285-0.1078-0.02730.0164-0.0138-0.05970.0148-0.0443-83.518916.8817-33.9685
40.48970.27180.22720.64260.24591.14250.0539-0.0610.01020.1228-0.04910.05210.0595-0.031-0.0048-0.0348-0.0015-0.0028-0.0417-0.0034-0.0538-25.34997.72833.9298
50.89730.20670.14760.85920.2641.1938-0.01140.0479-0.1051-0.04460.0541-0.1780.08490.2329-0.0427-0.09650.0213-0.00430.0076-0.0301-0.0292-10.00586.372519.1885
60.86140.03440.15411.22640.57890.9541-0.0570.08150.0926-0.13090.0514-0.0158-0.18810.06620.0055-0.022-0.0137-0.0202-0.06770.0196-0.0413-23.729222.781618.806
70.71740.7158-0.6252.6663-1.14170.9797-0.10660.0546-0.0746-0.14640.13830.12520.1694-0.0168-0.0318-0.04230.01710.0334-0.07060.0161-0.0297-94.592-22.9245-16.8834
80.8970.59840.55851.02930.41251.06970.04230.0583-0.133-0.01580.0508-0.13780.16090.1056-0.0931-0.04450.0139-0.0139-0.0466-0.0153-0.023-34.9692-17.16151.9383
90.97310.2060.51660.78860.5431.41720.0324-0.14320.01060.1204-0.06360.10740.0668-0.22590.0312-0.0702-0.00950.0221-0.0138-0.0016-0.054-51.8446-7.172810.2992
100.95930.37140.41310.42220.3131.2467-0.08380.09190.0795-0.10650.05250.0264-0.1668-0.03990.0314-0.0182-0.0139-0.0151-0.04530.0185-0.0673-42.15450.8661-6.9238
110.76530.1117-0.90780.8822-0.1891.1307-0.0478-0.1947-0.00430.24220.0117-0.048-0.04210.15180.03620.0380.02380.0126-0.03730.0029-0.0758-94.4885-7.6516-1.9954
121.14270.4752-0.10260.4592-0.170.919-0.0483-0.01940.131-0.05010.03140.2596-0.1033-0.14940.0169-0.07240.03560.0069-0.0380.04620.0269-108.9428-7.1061-17.7132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 1223 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 1223 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 1223 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4DD3 - 1213 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5EE3 - 1223 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6FF3 - 1223 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7GG3 - 1223 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8HH3 - 1223 - 122
9X-RAY DIFFRACTION9II3 - 1223 - 122
10X-RAY DIFFRACTION10JJ3 - 1223 - 122
11X-RAY DIFFRACTION11KK3 - 1223 - 122
12X-RAY DIFFRACTION12LL3 - 1223 - 122

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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