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- PDB-2ev4: Structure of Rv1264N, the regulatory domain of the mycobacterial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ev4
タイトルStructure of Rv1264N, the regulatory domain of the mycobacterial adenylyl cylcase Rv1264, with a salt precipitant
要素Hypothetical protein Rv1264/MT1302
キーワードLYASE / Alpha-helical / Regulatory Domain of Adenylyl cyclase / oleic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / response to pH / adenylate cyclase inhibitor activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / lipid binding / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase regulatory domain / Adenylate cyclase regulatory domain / : / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / pH-sensitive adenylate cyclase Rv1264 / pH-sensitive adenylate cyclase Rv1264
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Findeisen, F. / Tews, I. / Sinning, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The structure of the regulatory domain of the adenylyl cyclase Rv1264 from Mycobacterium tuberculosis with bound oleic acid
著者: Findeisen, F. / Linder, J.U. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Brugger, B. / Wieland, F. / Sinning, I. / Tews, I.
履歴
登録2005年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302
B: Hypothetical protein Rv1264/MT1302
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9395
ポリマ－48,3392
非ポリマー6003
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.081, 53.916, 89.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

HOH

21A-1005-

HOH

31B-212-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Rv1264/MT1302 / ADENYLYL CYCLASE


分子量: 24169.354 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv1264 / プラスミド: pQE 30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: Q11055, UniProt: P9WMU9*PLUS, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulphate, TRIS, lithium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月11日
放射モノクロメーター: Khozu monochromator with a McLennon controller containing a LN2 cooled Si111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→30 Å / Num. all: 19629 / Num. obs: 18893 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1948 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 16.936 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26616 961 5.1 %RANDOM
Rwork0.21818 ---
all0.22069 19569 --
obs0.22069 17868 96.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.303 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å20 Å2-1.05 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----0.49 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.437 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2817 0 41 111 2969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.9963948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92636625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8155367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.71423.684133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96115512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2531532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.23039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.21394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21733
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3570.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4050.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5740.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9721.52390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1581.5754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12422949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03531169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0284.5999
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 77 -
Rwork0.289 1290 -
obs-1446 94.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.7694-4.69563.507615.0756-1.04312.66780.35080.0715-0.6309-0.2572-0.52060.26610.6463-1.44240.1698-0.24920.02450.03790.0451-0.0537-0.0351-26.6541-15.6695-14.0838
21.6449-0.49210.92194.8686-0.25744.61020.113-0.0455-0.3146-0.4445-0.23690.70420.7348-0.82430.1239-0.2082-0.16860.0243-0.0114-0.0521-0.0327-14.828-36.621.8379
37.4958-4.60847.86576.9846-6.773312.0181-0.2834-0.55280.2360.60650.51090.5785-0.7717-0.8437-0.2275-0.3007-0.00710.0928-0.2249-0.02-0.1703-9.4658-16.75384.2349
42.5502-0.46051.309410.73750.693221.3988-0.11280.42810.3454-0.785-0.2179-0.6157-1.60711.98130.3308-0.0099-0.09370.00190.18150.0871-0.107213.4449-38.407832.0635
52.9479-0.27321.26496.89780.90812.88720.0535-0.38670.18290.38430.0501-0.1802-0.1391-0.0099-0.1037-0.1934-0.01920.0228-0.1756-0.0833-0.285-1.4951-17.154517.4316
65.3839-5.46946.81677.5745-7.197711.33760.2175-0.3579-0.5877-0.01210.25120.57080.6309-0.147-0.4686-0.1954-0.07810.0513-0.2261-0.0063-0.2139-3.0245-37.726113.3022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 5623 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2AA57 - 14969 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3AA150 - 196162 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4BB12 - 5624 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5BB57 - 14969 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6BB150 - 194162 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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