PDB-2ev2: Structure of Rv1264N, the regulatory domain of the mycobacterial ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ev2

タイトル

Structure of Rv1264N, the regulatory domain of the mycobacterial adenylyl cylcase Rv1264, at pH 8.5

要素

Hypothetical protein Rv1264/MT1302

キーワード

LYASE / Alpha-helical / Regulatory Domain of Adenylyl cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylate cyclase inhibitor activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / response to pH / adenylate cyclase activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / lipid binding / protein homodimerization activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Findeisen, F. / Tews, I. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The structure of the regulatory domain of the adenylyl cyclase Rv1264 from Mycobacterium tuberculosis with bound oleic acid
著者: Findeisen, F. / Linder, J.U. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Brugger, B. / Wieland, F. / Sinning, I. / Tews, I.

履歴

登録	2005年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ev2.cif.gz	86 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ev2.ent.gz	65.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ev2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2ev2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2ev2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ev1C 2ev3C 2ev4C 1y10 1y11 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ev4-d 2ev3-d 2ev1-d 6e6a-d 6qua-2 4gzr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (6) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (6)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (5)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (6)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

B: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.105, 54.096, 89.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1003- HOH
2	1	B-227- HOH

#1: タンパク質	Hypothetical protein Rv1264/MT1302 / ADENYLYL CYCLASE 分子量: 24169.354 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv1264 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: Q11055, UniProt: P9WMU9*PLUS, adenylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ammonium sulphate, CAPS, lithium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月14日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 19029 / Num. obs: 18902 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 69.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 938 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CCP4	(MOLREP)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→14.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 17.728 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25693	911	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21109	-	-	-
all	0.2134	17871	-	-
obs	0.2134	16868	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.865 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	-0.19 Å²
2-	-	1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.34 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.442 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→14.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2813	0	40	81	2934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.996	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	6592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.077	5	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.66	23.636	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.467	15	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.544	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	3009
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.25	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.32	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.368	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.236	1.5	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.197	1.5	754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.417	2	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.444	3	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.65	4.5	993
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.373 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	32	-
R_work	0.269	476	-
obs	-	510	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.7708	-5.1835	1.9042	14.6155	-1.6178	12.0806	0.1033	0.529	0.6391	0.0887	-0.5976	-0.0938	-0.2917	1.2751	0.4943	-0.2782	0.0618	-0.0021	0.0558	0.0088	0.0038	86.8789	-11.0358	-14.2124
2	1.0896	-0.0865	-1.0295	5.5398	1.4761	5.6665	0.0378	0.0841	0.2131	-0.454	-0.1859	-0.6723	-0.7994	0.8223	0.1481	-0.2677	-0.1559	-0.0252	-0.0339	0.0306	-0.031	74.8454	9.8333	1.9412
3	7.4225	-5.4227	-8.3959	8.4371	9.0536	14.6041	-0.3781	-0.5418	-0.3213	0.6704	0.5106	-0.5983	0.9016	0.9223	-0.1325	-0.2544	0.013	-0.0846	-0.3012	0.0534	-0.1386	69.56	-10.1446	4.1895
4	4.1186	0.7579	-0.1414	10.1025	2.0062	26.5899	-0.1631	0.3239	-0.3522	-0.2567	-0.3155	0.5854	1.6351	-2.3052	0.4785	-0.0813	-0.016	0.0005	0.1264	-0.1332	-0.1588	46.2269	11.4265	32.0267
5	3.9954	-0.805	-1.2924	7.7147	-0.5482	3.0085	0.0536	-0.4123	-0.2045	0.3662	-0.0148	0.2005	0.2803	0.1052	-0.0388	-0.1459	-0.0239	-0.0415	-0.2452	0.0907	-0.3248	61.5364	-9.7425	17.3149
6	7.7064	-5.5986	-8.0647	6.2815	6.5907	10.9443	0.1885	-0.5863	0.8056	-0.0425	0.3657	-0.7018	-0.6163	0.5013	-0.5542	-0.1777	-0.0829	-0.0869	-0.2605	-0.0252	-0.1971	62.9084	10.7826	13.2617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	11 - 56	23 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	57 - 149	69 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	150 - 196	162 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	12 - 56	24 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	57 - 149	69 - 161
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	150 - 194	162 - 206

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