PDB-2euy: Solution structure of the internal loop of human U65 H/ACA snoRNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2euy

タイトル

Solution structure of the internal loop of human U65 H/ACA snoRNA 3' hairpin

要素

U65 box H/ACA snoRNA

キーワード

RNA / haripin / internal-loop

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Feigon, J. / Khanna, M. / Wu, H. / Johansson, C. / Caizergues-Ferrer, M.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2006
タイトル: Structural study of the H/ACA snoRNP components Nop10p and the 3' hairpin of U65 snoRNA.
著者: Khanna, M. / Wu, H. / Johansson, C. / Caizergues-Ferrer, M. / Feigon, J.

履歴

登録	2005年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2euy.cif.gz	318.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2euy.ent.gz	266.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2euy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2euy_validation.pdf.gz	321.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2euy_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	2euy_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	2euy_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/2euy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/2euy	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	1cql-d 1br0-d 2yby-d 5ep6-1 3neq-3 2m54-d 2fz6-14 2bhk-d 3ehr-2 1qbj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リボスイッチ (Riboswitches)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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エクスプレソーム (Expressome)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: U65 box H/ACA snoRNA

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	U65 box H/ACA snoRNA 分子量: 10970.566 Da / 分子数: 1 断片: RNA hairpin containing the 3' internal-loop (pseudouridylation pocket) 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY
1	3	2	2D TOCSY
1	4	3	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	3	3D (H)CCH-COSY
1	6	3	13C-filtered/edited 2D NOESYs

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	unlabeled	10% D2O, 90% H2O
2	unlabeled	99.999% D2O
3	G,A,U,or C-selectively 13C,15N-labled	99.999% D2O

試料状態

イオン強度: 10mM sodium phosphate buffer / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
Felix	2000	Accelry	データ解析
X-PLOR	NIH	Clore	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was refined against 11 residual dipolar coupling rstraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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関連情報:EMDBヘッダ

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