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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2et8 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex Between Neamine and the 16S-RRNA A-Site | |||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / RNA-AMINOGLYCOSIDE INTERACTIONS / A SITE / UOU PAIRS / AA BULGES | 機能・相同性 | Chem-XXX / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | データ登録者 | Westhof, E. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005 | タイトル: Crystal structures of complexes between aminoglycosides and decoding A site oligonucleotides: role of the number of rings and positive charges in the specific binding leading to miscoding. 著者: Francois, B. / Russell, R.J. / Murray, J.B. / Aboul-ela, F. / Masquida, B. / Vicens, Q. / Westhof, E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2et8.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2et8.ent.gz | 22.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2et8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2et8_validation.pdf.gz | 722 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2et8_full_validation.pdf.gz | 724.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2et8_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2et8_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2et8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2et8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7048.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ESCHERICHIA COLI 16S RRNA A SITE #2: 糖 | ChemComp-XXX / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: MPD, NACL, MGSO4, GLYCEROL, NA CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.936 Å |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.936 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 6000 / Num. obs: 6000 / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry: 1J7T 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 1 立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY,A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN, NEW PARAMETERSFOR THE REFINEMENT OF NUCLEIC ACID CONTAINING STRUCTURES, ACTA CRYST. D, 52,57-64 (1996)
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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