+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2et4 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Complex Between Neomycin B and the 16S-RRNA A-Site | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / RNA-AMINOGLYCOSIDE INTERACTIONS / A SITE / UOU PAIRS / AA BULGES | 機能・相同性 | NEOMYCIN / RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Westhof, E. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structures of complexes between aminoglycosides and decoding A site oligonucleotides: role of the number of rings and positive charges in the specific binding leading to miscoding. 著者: Francois, B. / Russell, R.J. / Murray, J.B. / Aboul-ela, F. / Masquida, B. / Vicens, Q. / Westhof, E. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 25.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7048.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: MPD, NACL, MGSO4, GLYCEROL, NA CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.936 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 7300 / Num. obs: 7300 / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry: 1J7T 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 1.5 立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY,A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN, NEW PARAMETERSFOR THE REFINEMENT OF NUCLEIC ACID CONTAINING STRUCTURES, ACTA CRYST. D, 52,57-64 (1996)
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|