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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2emd | |||||||||
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タイトル | GREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA, MUTANT | |||||||||
要素 | GREEN FLUORESCENT PROTEIN | |||||||||
キーワード | LUMINESCENCE / FLUORESCENT PROTEIN / BETA-BARREL / BIOLUMINESCENCE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Palm, G. / Zdanov, A. / Wlodawer, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: The structural basis for spectral variations in green fluorescent protein. 著者: Palm, G.J. / Zdanov, A. / Gaitanaris, G.A. / Stauber, R. / Pavlakis, G.N. / Wlodawer, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2emd.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2emd.ent.gz | 45.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2emd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/2emd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/2emd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | THE BIOLOGICALLY ACTIVE MOLECULE IS A DIMER. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26946.414 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(A1[B]), F64L, Y66H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 遺伝子: GFP / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / プラスミド: PFRED42 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): SG42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, OMEGA878 / 参照: UniProt: P42212 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | CSH 66: THE CHROMOPHOR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP METHOD. PROTEIN SOLUTION: 21 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL WELL SOLUTION: 2.1 M AS, 100 MM TRIS/HCL, PH 8.5 PROTEIN:WELL 1:1, vapor diffusion - hanging drop | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: protein solution is mixed in a 1:1 ratio with well solution | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月25日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: NI / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→10 Å / Num. obs: 25953 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.231 / % possible all: 46.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46.9 % / Rmerge(I) obs: 0.231 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.0055 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: PARAMETERS FOR THE CHROMOPHORE WERE ESTIMATED ACCORDING TO A MODEL COMPOUND (B.TINANT ET AL., CRYST. STRUCT. COMM., 1980, 9, 671-674)
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.294 |