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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ekx | ||||||
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タイトル | Solution structure of the human BMX SH2 domain | ||||||
要素 | Cytoplasmic tyrosine-protein kinase BMX | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / SH2 domain (SH2ドメイン) / Phosphotyrosine binding domain / Protein Tyrosine Kinase (プロテインチロシンキナーゼ) / Signal Transduction (シグナル伝達) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylinositol biosynthetic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / mesoderm development / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / ruffle membrane / protein tyrosine kinase activity / 獲得免疫系 ...phosphatidylinositol biosynthetic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / mesoderm development / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / ruffle membrane / protein tyrosine kinase activity / 獲得免疫系 / protein autophosphorylation / 細胞接着 / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / apoptotic process / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Kasai, T. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the human BMX SH2 domain 著者: Kasai, T. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ekx.cif.gz | 667.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ekx.ent.gz | 557 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ekx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2ekx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2ekx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12395.862 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: BMX / プラスミド: P061225-65 参照: UniProt: P51813, non-specific protein-tyrosine kinase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.13mM SH2 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |