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- PDB-2ekp: Structure of TT0495 protein from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ekp
タイトルStructure of TT0495 protein from Thermus thermophilus
要素2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase2-デオキシ-D-グルコン酸-3-デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / gluconate dehydrogenase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2-デオキシ-D-グルコン酸-3-デヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Lokanath, N.K. / Pampa, K.J. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The first crystal structure of NAD-dependent 3-dehydro-2-deoxy-D-gluconate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8
著者: Pampa, K.J. / Lokanath, N.K. / Kunishima, N. / Rai, R.V.
履歴
登録2007年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5504
ポリマ－25,7031
非ポリマー8483
水7,116395
1
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,20116
ポリマ－102,8114
非ポリマー3,39012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area19780 Å2
ΔGint-118.3 kcal/mol
Surface area28220 Å2
手法PISA
2
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1018
ポリマ－51,4052
非ポリマー1,6956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-43.8 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
3
A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1018
ポリマ－51,4052
非ポリマー1,6956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
Buried area6230 Å2
ΔGint-36.4 kcal/mol
Surface area17770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.873, 87.233, 92.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1643-

HOH

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要素

#1: タンパク質 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase / 2-デオキシ-D-グルコン酸-3-デヒドロゲナーゼ / gluconate dehydrogenase


分子量: 25702.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53W82, 2-デオキシ-D-グルコン酸-3-デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 28% PEG 1000, 0.2M NH2SO4, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月13日 / 詳細: graphite
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. all: 94622 / Num. obs: 94728 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 7.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
EPMR位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X1E

1x1e


解像度: 1.15→23.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 4743 -random
Rwork0.168 ---
all-94622 --
obs-94728 99.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→23.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 0 56 395 2255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.19 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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