PDB-2ekm: Structure of ST1219 protein from Sulfolobus tokodaii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ekm

タイトル

Structure of ST1219 protein from Sulfolobus tokodaii

要素

Hypothetical protein ST1511

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

Ta1353-like / Adenosine specific kinase / Ta1353-like superfamily / Adenosine specific kinase / hypothetical protein tt1634 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Adenosine monophosphate-protein transferase

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Lokanath, N.K. / Pampa, K.J. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of ST1219 protein from Sulfolobus tokodaii
著者: Lokanath, N.K. / Pampa, K.J. / Kamiya, T. / Kunishima, N.

履歴

登録	2007年3月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ekm.cif.gz	111.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ekm.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ekm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ekm_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ekm_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	2ekm_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	2ekm_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2ekm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2ekm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gloS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l1s-d 4rv6-2 5l92-1 4gv7-2 5l1u-d 1oxa-d 4hhz-1 4c9m-2 5kpn-1 5omr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: sto001001511.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein ST1511

B: Hypothetical protein ST1511

C: Hypothetical protein ST1511

ヘテロ分子

54.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.200, 63.200, 229.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Hypothetical protein ST1511 分子量: 18046.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21-Codon(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q970U0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 28% PEG 5k, 0.2M MgSO4, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月15日 / 詳細: GRAPHITE
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→50 Å / Num. all: 29765 / Num. obs: 29795 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 23 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.06→2.13 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GLO

2glo

解像度: 2.06→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1471	-	random
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.18	29795	99.9 %	-
all	-	29765	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3774	0	12	415	4201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	0.0049
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.71

LS精密化シェル

解像度: 2.06→2.13 Å / % reflection obs: 100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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