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万見
- PDB-2ejx: Crystal structure of the hypothetical protein STK_08120 from Sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ejx
タイトルCrystal structure of the hypothetical protein STK_08120 from Sulfolobus tokodaii
要素STK_08120
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ARCAEA / STK_08120 / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性Protein of unknown function DUF3211 / STK_08120-like / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF3211 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Miyakawa, T. / Miyazono, K. / Sawano, Y. / Hatano, K. / Nagata, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: A thermoacidophile-specific protein family, DUF3211, functions as a fatty acid carrier with novel binding mode
著者: Miyakawa, T. / Sawano, Y. / Miyazono, K. / Miyauchi, Y. / Hatano, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2007年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32013年11月6日Group: Database references
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STK_08120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0161
ポリマ－16,0161
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: STK_08120

A: STK_08120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0312
ポリマ－32,0312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-6.4 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.887, 70.446, 35.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 STK_08120


分子量: 16015.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
生物種: Sulfolobus tokodaii / 株: strain 7 / 遺伝子: STK_08120 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q973T5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 15% PEG4000, 20% isopropanol, 100mM MES, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.97924
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年10月29日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年11月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979241
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 13524 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 43.9
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.604 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26171 652 4.9 %RANDOM
Rwork0.22035 ---
obs0.22246 12526 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1090 0 0 102 1192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.9841489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5025133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57824.42352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41515219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.168158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0971.5689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.76221092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9393463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4854.5397
LS精密化 シェル解像度: 1.788→1.834 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 51 -
Rwork0.266 885 -
obs-885 94.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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