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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ehw | ||||||
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タイトル | Conserved hypothetical proteim (TTHB059) from Thermo thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Hypothetical protein TTHB059 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / extended alpha-helix / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | Helix Hairpins - #1220 / Protein of unknown function DUF3209 / Protein of unknown function (DUF3209) / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Rehse, P.H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Conserved hypothetical proteim (TTHB059) from Thermo thermophilus HB8 著者: Rehse, P.H. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ehw.cif.gz | 100.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ehw.ent.gz | 83 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ehw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ehw_validation.pdf.gz | 432.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ehw_full_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ehw_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ehw_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/2ehw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/2ehw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13897.704 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta834 (DE3) / 参照: UniProt: Q53WA3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 23% PEG MME 2000, 20mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97915, 0.97952, 1.0000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月22日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | % possible obs: 99
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.22→35.22 Å / Num. all: 22967 / Num. obs: 22728 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.12 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14.5 / Scaling rejects: 1223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 7.27 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. measured all: 16348 / Num. unique all: 2246 / Χ2: 1.06 / % possible all: 99.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.58 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.6 / 反射: 20572 / Reflection acentric: 18458 / Reflection centric: 2114 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.22→35.21 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 34.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.955 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→35.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.22→2.3 Å
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Xplor file |
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