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- PDB-2h36: Structure of ORF14 from Sulfolobus Islandicus Filamentous Virus (SIFV) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2h36 | ||||||
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Title | Structure of ORF14 from Sulfolobus Islandicus Filamentous Virus (SIFV) | ||||||
![]() | Hypothetical protein SIFV0014 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Archaea / Virus | ||||||
Function / homology | Double Stranded RNA Binding Domain - #300 / Sulfolobus islandicus filamentous virus, Orf14 / Protein of unknown function (DUF1374) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 14![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Goulet, A. / Spinelli, S. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of ORF14 from Sulfolobus islandicus filamentous virus Authors: Goulet, A. / Spinelli, S. / Blangy, S. / van Tilbeurgh, H. / Leulliot, N. / Basta, T. / Prangishvili, D. / Cambillau, C. / Campanacci, V. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2006 Title: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of protein 14 from Sulfolobus islandicus filamentous virus (SIFV) Authors: Goulet, A. / Spinelli, S. / Campanacci, V. / Porciero, S. / Blangy, S. / Garrett, R.A. / van Tilbeurgh, H. / Leulliot, N. / Basta, T. / Prangishvili, D. / Cambillau, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 34.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 24.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 424.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 426.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13480.763 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Genus: Betalipothrixvirus / Gene: ORF 14 / Plasmid: pDEST17 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.3 Details: 18-26% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.5M MgCl2, 33mM HEPES, 0.2M imidazole malate pH 5.2-5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: May 4, 2006 |
Radiation | Monochromator: 2 mirrors, onemonochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→23 Å / Num. obs: 4170 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 53.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 75 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.11 Å / Redundancy: 55 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 17 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 99.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.377 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95→22.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.952→3.027 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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