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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2egj | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Hypothetical Protein(AQ1494) from Aquifex aeolicus | ||||||
![]() | Hypothetical protein aq_1494 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical Protein / Aquifex aeolicus / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumarevel, T.S. / Niwa, H. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Protein(AQ1494) from Aquifex aeolicus 著者: Kumarevel, T.S. / Niwa, H. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15308.683 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M Phosphate-citrate, 50% PEG200, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 29686 / Num. obs: 29686 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Num. unique all: 2929 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2EGI 解像度: 1.8→45.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.042 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.137 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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