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- PDB-2eg9: Crystal structure of the truncated extracellular domain of mouse CD38 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eg9
タイトルCrystal structure of the truncated extracellular domain of mouse CD38
要素ADP-ribosyl cyclase 1
キーワードHYDROLASE / CELL SUEFACE ANTIGEN / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


Nicotinate metabolism / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption ...Nicotinate metabolism / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / response to hydroperoxide / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to hormone / response to progesterone / female pregnancy / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kukimoto-Niino, M. / Mishima, C. / Wakiyama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Hara-Yokoyama, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the truncated extracellular domain of mouse CD38
著者: Kukimoto-Niino, M. / Mishima, C. / Wakiyama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Hara-Yokoyama, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase 1
B: ADP-ribosyl cyclase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2972
ポリマ－58,2972
非ポリマー00
水41423
1
A: ADP-ribosyl cyclase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1481
ポリマ－29,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosyl cyclase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1481
ポリマ－29,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.072, 176.815, 44.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase 1 / CD38 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / NIM-R5 antigen / I-19


分子量: 29148.295 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (residues 48-288) / 変異: N104D, N124D, N213D, N223D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd38 / プラスミド: pAc-BiP / 細胞株 (発現宿主): Schneider Line 2 (S2)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P56528, NAD+ glycohydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 1500, 0.2M NDSB-256, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 11912 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.85275 % / Biso Wilson estimate: 48.5 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 11.614
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.21615 / Rsym value: 0.226 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DF1

2df1
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→49.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1293616.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34 1225 10.3 %RANDOM
Rwork0.263 ---
obs0.263 11873 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.0287 Å2 / ksol: 0.345101 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.1 Å20 Å20 Å2
2---23.34 Å20 Å2
3---39.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 0 23 3412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 178 9.4 %
Rwork0.315 1709 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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