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万見
- PDB-2e9w: Crystal structure of the extracellular domain of Kit in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e9w
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of Kit in complex with stem cell factor (SCF)
要素
  • Kit ligand
  • Mast/stem cell growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/HORMONE / Glycoprotein / Receptor tyrosine kinase / Growth factor cytokine / Dimerization / TRANSFERASE-HORMONE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants ...positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / stem cell factor receptor binding / mast cell migration / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Kit signaling pathway / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / positive regulation of melanocyte differentiation / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of dendritic cell cytokine production / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / mast cell apoptotic process / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of pseudopodium assembly / immature B cell differentiation / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / erythropoietin-mediated signaling pathway / myeloid progenitor cell differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / digestive tract development / positive regulation of leukocyte migration / neural crest cell migration / negative regulation of programmed cell death / lamellipodium assembly / embryonic hemopoiesis / tongue development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of KIT signaling / megakaryocyte development / mast cell degranulation / pigmentation / stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / growth factor binding / cytokine binding / spermatid development / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / somatic stem cell population maintenance / T cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / response to cadmium ion / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SH2 domain binding / B cell differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / acrosomal vesicle / erythrocyte differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / epithelial cell proliferation / cytokine activity / cell chemotaxis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / filopodium / stem cell differentiation / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / Signaling by SCF-KIT / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity
類似検索 - 分子機能
Stem cell factor / Stem cell factor / Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain ...Stem cell factor / Stem cell factor / Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mast/stem cell growth factor receptor Kit / Kit ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yuzawa, S. / Opatowsky, Y. / Zhang, Z. / Mandiyan, V. / Lax, I. / Schlessinger, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Activation of the Receptor Tyrosine Kinase KIT by Stem Cell Factor
著者: Yuzawa, S. / Opatowsky, Y. / Zhang, Z. / Mandiyan, V. / Lax, I. / Schlessinger, J.
履歴
登録2007年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor
B: Mast/stem cell growth factor receptor
C: Kit ligand
D: Kit ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,23510
ポリマ－141,9084
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)269.477, 52.072, 189.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor / SCFR / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Kit / c-kit / CD117 antigen


分子量: 54946.637 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS, D1 - D5 / 変異: N130S, N145S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Kit ligand / C-kit ligand / Stem cell factor / SCF / Mast cell growth factor / MGF


分子量: 16007.306 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble form, residues 26 - 166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCF / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MGT7 / 参照: UniProt: P21583
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 8-12% PEG 8000, 5-8% ethylene glycol, 0.2M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.249999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.249999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 31962 / Num. obs: 31962 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.55 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EXZ and 2EC8

1exz

2ec8


解像度: 3.5→38.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4329206.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1594 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.245 31945 98.3 %-
all-31945 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 243.024 Å2 / ksol: 0.431345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 78.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.15 Å20 Å228.76 Å2
2--23.73 Å20 Å2
3----16.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.75 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9084 0 84 0 9168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it16.822.5
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 241 4.8 %
Rwork0.319 4770 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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