PDB-2e8j: Solution structure of dynein light chain 2A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e8j

タイトル

Solution structure of dynein light chain 2A

要素

Dynein light chain 2A, cytoplasmic

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

visual behavior / ciliary tip / Intraflagellar transport / dynein complex / microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / microtubule / cilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Kouno, T. / Nabeshima, Y. / Mizuguchi, M. / Kawano, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of dynein light chain 2A
著者: Kouno, T. / Nabeshima, Y. / Mizuguchi, M. / Kawano, K.

履歴

登録	2007年1月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e8j.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e8j.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/2e8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/2e8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bdv-d 1fjl-1 2z8o-2 5nbk-1 1j02-d 1r54-d 2h0r-1 6xqf-d 2jnq-d 1dvg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dynein light chain 2A, cytoplasmic

B: Dynein light chain 2A, cytoplasmic

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Dynein light chain 2A, cytoplasmic / Dynein light chain roadblock-type 1 / DL2A / Dynein-associated protein Km23 / Bithoraxoid-like protein / BLP 分子量: 11346.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NP97

#1: タンパク質

Dynein light chain 2A, cytoplasmic / Dynein light chain roadblock-type 1 / DL2A / Dynein-associated protein Km23 / Bithoraxoid-like protein / BLP

分子量: 11346.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NP97

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	2	3D 13C-separated NOESY
1	3	2	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.6mM DL2A U-15, 13C; 20mM phosphate buffer NA; 20mM NaCl; 0.1mM EDTA; 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	0.6mM DL2A U-15, 13C; 20mM phosphate buffer NA; 20mM NaCl; 0.1mM EDTA; 100% D2O	100% D2O

試料状態

pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.2	Delaglio	データ解析
PIPP	4.3.2	Garrett	データ解析
X-PLOR	3.1f	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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