PDB-2e7c: Solution structure of the 6th Ig-like domain from human Myosin-bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e7c

タイトル

Solution structure of the 6th Ig-like domain from human Myosin-binding protein C, fast-type

要素

Myosin-binding protein C, fast-type

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Ig-like domain / Myosin-binding protein C / fast-type / Fast MyBP-C / C-protein / skeletal muscle fast-isoform / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

myosin filament / Striated Muscle Contraction / structural constituent of muscle / sarcomere organization / actin binding / cell adhesion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR

データ登録者

Qin, X.R. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Solution structure of the 6th Ig-like domain from human Myosin-binding protein C, fast-type
著者: Qin, X.R. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年1月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e7c.cif.gz	724.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e7c.ent.gz	607.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e7c_validation.pdf.gz	341.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e7c_full_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示
XML形式データ	2e7c_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	2e7c_validation.cif.gz	61 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/2e7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/2e7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lxf-d 2bsf-d 5gnj-4 1xn9-d 1dvo-d 2ogh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsg002000057.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (6) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myosin-binding protein C, fast-type

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Myosin-binding protein C, fast-type / Fast MyBP-C / C-protein / skeletal muscle fast isoform 分子量: 13146.978 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: MYBPC2, MYBPCF / プラスミド: P060828-20 / 参照: UniProt: Q14324

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.04mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3, 90% H2O; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9816	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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